Hubrecht Institute

Onderzoeksoutput

Onderzoeksoutput per jaar 1985 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2023

• 1922 Artikel
• 165 PhD thesis (Proefschrift)
• 37 Boek/film/artikelrecensie
• 11 Hoofdstuk
• 10 Meer
  • 6 Boek
  • 2 Speciale uitgave (redactielidmaatschap)
  • 1 Bijdrage aan conferentie proceedings
  • 1 Patent

Onderzoeksoutput per jaar

Onderzoeksoutput per jaar

Zoekresultaten

• In vitro expansion of human gastric epithelial stem cells and their responses to bacterial infection

  Bartfeld, S., Bayram, T., van de Wetering, M., Huch, M., Begthel, H., Kujala, P., Vries, R., Peters, P. J. & Clevers, H., jan. 2015, In: Gastroenterology. 148, 1, blz. 126-136.e6

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Bacterial Infections 100%
  • Stem Cells 78%
  • Stomach 76%
  • Organoids 76%
  • Epithelial Cells 76%
  592 Citaten (Scopus)

• In vitro expansion and transplantation of intestinal crypt stem cells

  Li, V. S. & Clevers, H., 2012, In: Gastroenterology. 143, 1, blz. 30-34

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review
  17 Citaten (Scopus)

• Investigation of Frizzled-5 during embryonic neural development in mouse.

  Burns, C. J., Zhang, J., Brown, E. C., van Bibber, A. M., van Es, J. H., Clevers, H., Ishikawa, T. O., Taketo, M. M., Vetter, M. L. & Fuhrmann, S., 2008, In: Developmental Dynamics. 237, 6, blz. 1614-1626

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Embryonic Development 100%
  • Eye 67%
  • Embryonic Structures 44%
  • Retina 31%
  • Wnt Receptors 27%
  49 Citaten (Scopus)

• Intronic SMCHD1 variants in FSHD: testing the potential for CRISPR-Cas9 genome editing

  Goossens, R., van den Boogaard, M. L., Lemmers, R. J. L. F., Balog, J., van der Vliet, P. J., Willemsen, I. M., Schouten, J., Maggio, I., van der Stoep, N., Hoeben, R. C., Tapscott, S. J., Geijsen, N., Gonçalves, M. A. F. V., Sacconi, S., Tawil, R. & van der Maarel, S. M., dec. 2019, In: Journal of Medical Genetics. 56, 12, blz. 828-837 10 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Gene Editing 100%
  • Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats 93%
  • Introns 62%
  • Myoblasts 37%
  • Nucleotides 26%
  28 Citaten (Scopus)

• Introductory remarks

  Kiefer, F. & Schulte-Merker, S., 2014, In: Advances in anatomy, embryology, and cell biology. 214, blz. 1-4 4 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Lymphatic Vessels 100%
  1 Citaat (Scopus)

• Intravital microscopy through an abdominal imaging window reveals a pre-micrometastasis stage during liver metastasis

  Ritsma, L., Steller, E. J., Beerling, E., Loomans, C. J., Zomer, A., Gerlach, C., Vrisekoop, N., Seinstra, D., van Gurp, L., Schafer, R., Raats, D. A., de Graaff, A., Schumacher, T. N., de Koning, E., Rinkes, I. H., Kranenburg, O. & van Rheenen, J., 2012, In: Science Translational Medicine. 4, 158, blz. 145

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Neoplasm Micrometastasis 100%
  • Intravital Microscopy 96%
  • Neoplasm Metastasis 48%
  • Cell Movement 48%
  • Liver 40%
  173 Citaten (Scopus)

• Intravital microscopy: new insights into metastasis of tumors

  Beerling, E., Ritsma, L., Vrisekoop, N., Derksen, P. W. & van Rheenen, J., 2011, In: Journal of Cell Science. 124, Pt 3, blz. 299-310

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Intravital Microscopy 100%
  • Neoplasm Metastasis 50%
  • Neoplasms 26%
  • Histological Techniques 18%
  • Energy Transfer 17%
  116 Citaten (Scopus)

• Intravital imaging of metastatic behavior through a mammary imaging window

  Kedrin, D., Gligorijevic, B., Wyckoff, J., Verkhusha, V. V., Condeelis, J., Segall, J. E. & van Rheenen, J., 2008, In: Nature Methods. 5, blz. 1019-1021

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review
  325 Citaten (Scopus)

• Intravital imaging of cell signaling in mice

  Ritsma, L., Ponsioen, B. & van Rheenen, J., 2012, In: IntraVital. 1, 1, blz. 2-10 9 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  Bestand

  • Intravital Microscopy 100%
  • Signal Transduction 64%
  • Fluorescence Microscopy 20%
  • In Vitro Techniques 17%
  • Cell Culture Techniques 15%
  395 Downloads (Pure)

• Intravital imaging of cancer stem cell plasticity in mammary tumors

  Zomer, A., Ellenbroek, S. I., Ritsma, L., Beerling, E., Vrisekoop, N. & van Rheenen, J., 2013, In: Stem Cells. 31, 3, blz. 602-606

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Cell Plasticity 100%
  • Intravital Microscopy 91%
  • Neoplastic Stem Cells 79%
  • Breast Neoplasms 47%
  • Neoplasms 24%
  126 Citaten (Scopus)

• Intravital FRET imaging of tumor cell viability and mitosis during chemotherapy

  Janssen, A., Beerling, E., Medema, R. & van Rheenen, J., 2013, In: PLoS One. 8, 5, blz. 64029

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Intravital Microscopy 100%
  • Mitosis 81%
  • Docetaxel 73%
  • Cell Survival 62%
  • Drug Therapy 48%
  52 Citaten (Scopus)

• Intravital characterization of tumor cell migration in pancreatic cancer

  Beerling, E., Oosterom, I., Voest, E. E., Lolkema, M. P. & van Rheenen, J., 2016, In: IntraVital. 5, 3, blz. e1261773

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Pancreatic Neoplasms 100%
  • Cell Movement 86%
  • Neoplasms 34%
  • Intravital Microscopy 21%
  • Aptitude 11%

• Intra-tumour diversification in colorectal cancer at the single-cell level

  Roerink, S. F., Sasaki, N., Lee-Six, H., Young, M. D., Alexandrov, L. B., Behjati, S., Mitchell, T. J., Grossmann, S., Lightfoot, H., Egan, D. A., Pronk, A., Smakman, N., van Gorp, J., Anderson, E., Gamble, S. J., Alder, C., van de Wetering, M., Campbell, P. J., Stratton, M. R. & Clevers, H., apr. 2018, In: Nature. 556, 7702, blz. 457-462 6 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Colorectal Neoplasms 100%
  • Neoplasms 40%
  • Organoids 13%
  • Mutation 11%
  • Mutation Rate 11%
  368 Citaten (Scopus)

• Intracranial Aneurysm-Associated Single-Nucleotide Polymorphisms Alter Regulatory DNA in the Human Circle of Willis

  Laarman, M. D., Vermunt, M. W. & Ruigrok, Y. M., feb. 2018, In: Stroke. 49, 2, blz. 447-453 7 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  Bestand

  • Circle of Willis 100%
  • Nucleic Acid Regulatory Sequences 82%
  • Intracranial Aneurysm 77%
  • Single Nucleotide Polymorphism 59%
  • DNA 39%
  13 Citaten (Scopus)

  231 Downloads (Pure)

• Intestinal tumorigenesis initiated by dedifferentiation and acquisition of stem-cell-like properties

  Schwitalla, S., Fingerle, A. A., Cammareri, P., Nebelsiek, T., Goktuna, S. I., Ziegler, P. K., Canli, O., Heijmans, J., Huels, D. J., Moreaux, G., Rupec, R. A., Gerhard, M., Schmid, R., Barker, N., Clevers, H., Lang, R., Neumann, J., Kirchner, T., Taketo, M. M., van den Brink, G. R., & 3 anderenSansom, O. J., Arkan, M. C. & Greten, F. R., 2013, In: Cell. 152, 1-2, blz. 25-38

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Plastic Property 100%
  • Ablation 99%
  • Neoplastic Stem Cells 91%
  • NF-kappa B 73%
  • Carcinogenesis 66%
  851 Citaten (Scopus)

• Intestinal stem cells lacking the Math1 tumour suppressor are refractory to Notch inhibitors

  van Es, J. H., de Geest, N., van den Born, M. M. W., Clevers, H. & Hassan, B. A., 2010, In: Nature Communications. 1, 2, blz. 1-5

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Gamma Secretase Inhibitor 100%
  • suppressors 84%
  • stem cells 81%
  • inhibitors 68%
  • refractories 64%
  108 Citaten (Scopus)

• Intestinal regeneration: YAP-tumor suppressor and oncoprotein?

  Li, V. S. & Clevers, H., 2013, In: Current Biology. 23, 3, blz. 110-112

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • oncogene proteins 100%
  • Oncogenic 97%
  • Oncogene Proteins 78%
  • stem cells 70%
  • phosphorylation 60%
  15 Citaten (Scopus)

• Intestinal organoids as tools for enriching and studying specific and rare cell types: advances and future directions

  Boonekamp, K. E., Dayton, T. L. & Clevers, H., 01 aug. 2020, In: Nature Reviews Molecular Cell Biology. 12, 8, blz. 562-568 7 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  36 Citaten (Scopus)

• Intestinal Inflammation and Dysregulated Immunity in Patients With Inherited Caspase-8 Deficiency

  Lehle, A. S., Farin, H. F., Marquardt, B., Michels, B. E., Magg, T., Li, Y., Liu, Y., Ghalandary, M., Lammens, K., Hollizeck, S., Rohlfs, M., Hauck, F., Conca, R., Walz, C., Weiss, B., Lev, A., Simon, A. J., Groß, O., Gaidt, M. M., Hornung, V., & 12 anderenClevers, H., Yazbeck, N., Hanna-Wakim, R., Shouval, D. S., Warner, N., Somech, R., Muise, A. M., Snapper, S. B., Bufler, P., Koletzko, S., Klein, C. & Kotlarz, D., jan. 2019, In: Gastroenterology. 156, 1, blz. 275-278 4 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review
  94 Citaten (Scopus)

• Intestinal epithelial organoids fuse to form self-organizing tubes in floating collagen gels

  Sachs, N., Tsukamoto, Y., Kujala, P., Peters, P. J. & Clevers, H., 15 mrt. 2017, In: Development (Cambridge). 144, 6, blz. 1107-1112 6 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Tube 100%
  • Self-organizing 97%
  • Stem Cells 97%
  • floating 95%
  • Floating 89%
  99 Citaten (Scopus)

• Intestinal crypt homeostasis revealed at single-stem-cell level by in vivo live imaging

  Ritsma, L., Ellenbroek, S. I. J., Zomer, A., Snippert, H. J., de Sauvage, F. J., Simons, B. D., Clevers, H. & van Rheenen, J., 20 mrt. 2014, In: Nature. 507, 7492, blz. 362-5 4 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Stem Cells 100%
  • Homeostasis 99%
  • Intravital Microscopy 16%
  • Intestinal Mucosa 14%
  • Cell Division 12%
  378 Citaten (Scopus)

• Intestinal crypt homeostasis results from neutral competition between symmetrically dividing Lgr5 stem cells

  Snippert, H. J. G., van der Flier, L. G., Sato, T., van Es, J. H., van den Born, M. M. W., Kroon-Veenboer, C., Barker, N., Klein, A. M., van Rheenen, J., Simons, B. D. & Clevers, H., 2010, In: Cell. 143, 1, blz. 134-144

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Stem Cells 100%
  • Homeostasis 99%
  • Cell Division 77%
  • Paneth Cells 39%
  • Population 10%
  1474 Citaten (Scopus)

• Interview

  Clevers, J. C., 2013, In: CODE. blz. 30-34

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Populair

• Interrogating open issues in cancer precision medicine with patient-derived xenografts

  Byrne, A. T., Alférez, D. G., Amant, F., Annibali, D., Arribas, J., Biankin, A. V., Bruna, A., Budinská, E., Caldas, C., Chang, D. K., Clarke, R. B., Clevers, H., Coukos, G., Dangles-Marie, V., Eckhardt, S. G., Gonzalez-Suarez, E., Hermans, E., Hidalgo, M., Jarzabek, M. A., de Jong, S., & 22 anderenJonkers, J., Kemper, K., Lanfrancone, L., Mælandsmo, G. M., Marangoni, E., Marine, J-C., Medico, E., Norum, J. H., Palmer, H. G., Peeper, D. S., Pelicci, P. G., Piris-Gimenez, A., Roman-Roman, S., Rueda, O. M., Seoane, J., Serra, V., Soucek, L., Vanhecke, D., Villanueva, A., Vinolo, E., Bertotti, A. & Trusolino, L., apr. 2017, In: Nature reviews. Cancer. 17, 4, blz. 254-268 15 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Precision Medicine 100%
  • Heterografts 83%
  • Neoplasms 29%
  • Internationality 15%
  • Medicine 8%
  535 Citaten (Scopus)

• Interrogating open issues in cancer medicine with patient-derived xenografts

  Byrne, A. T., Alférez, D. G., Amant, F., Annibali, D., Arribas, J., Biankin, A. V., Bruna, A., Budinská, E., Caldas, C., Chang, D. K., Clarke, R. B., Clevers, H., Coukos, G., Dangles-Marie, V., Eckhardt, S. G., Gonzalez-Suarez, E., Hermans, E., Hidalgo, M., Jarzabek, M. A., de Jong, S., & 22 anderenJonkers, J., Kemper, K., Lanfrancone, L., Mælandsmo, G. M., Marangoni, E., Marine, J-C., Medico, E., Norum, J. H., Palmer, H. G., Peeper, D. S., Pelicci, P. G., Piris-Gimenez, A., Roman-Roman, S., Rueda, O. M., Seoane, J., Serra, V., Soucek, L., Vanhecke, D., Villanueva, A., Vinolo, E., Bertotti, A. & Trusolino, L., 15 sep. 2017, (E-pub ahead of print) In: Nature reviews. Cancer. 17, 10, blz. 632

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Heterografts 100%
  • Medicine 81%
  • Neoplasms 35%

• Interplay between VHL/HIF1alpha and Wnt/beta-catenin pathways during colorectal tumorigenesis.

  Giles, R. H., Lolkema, M. P., Snijckers, C. M., Belderbos, M., Groep, P. V. D., Mans, D. A., Beest, M. V., Noort, M. V., Goldschmeding, R., Diest, P. J. V., Clevers, J. C. & Voest, E. E., 2006, In: Oncogene. 25, blz. 3065-3070

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • beta Catenin 100%
  • Colorectal Neoplasms 78%
  • Carcinogenesis 75%
  • Hypoxia 31%
  • Adenomatous Polyposis Coli 24%
  103 Citaten (Scopus)

• Interplay between CTCF boundaries and a super enhancer controls cohesin extrusion trajectories and gene expression

  Vos, E. S. M., Valdes-Quezada, C., Huang, Y., Allahyar, A., Verstegen, M. J. A. M., Felder, A-K., van der Vegt, F., Uijttewaal, E. C. H., Krijger, P. H. L. & de Laat, W., 05 aug. 2021, In: Molecular Cell. 81, 15, blz. 3082-3095.e6

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • cohesins 100%
  • Gene Expression 41%
  • Transcriptional Activation 31%
  • Chromatin 30%
  • Mouse Embryonic Stem Cells 21%
  26 Citaten (Scopus)

• Interplay between calcium and sarcomeres directs cardiomyocyte maturation during regeneration

  Nguyen, P. D., Gooijers, I., Campostrini, G., Verkerk, A. O., Honkoop, H., Bouwman, M., de Bakker, D. E. M., Koopmans, T., Vink, A., Lamers, G. E. M., Shakked, A., Mars, J., Mulder, A. A., Chocron, S., Bartscherer, K., Tzahor, E., Mummery, C. L., de Boer, T. P., Bellin, M. & Bakkers, J., 19 mei 2023, In: Science. 380, 6646, blz. 758-764 7 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Sarcomeres 100%
  • Cardiac Myocytes 73%
  • Regeneration 65%
  • Calcium 53%
  • Excitation Contraction Coupling 25%
  12 Citaten (Scopus)

• Inter-laboratory comparison of three different real-time PCR assays for the detection of Pneumocystis jiroveci in bronchoalveolar lavage fluid samples.

  Linssen, C. F., Jacobs, J. A., Beckers, P., Templeton, K. E., Bakkers, J., Kuijper, E. J., Melchers, W. J., Drent, M. & Vink, C., 2006, In: Journal of Medical Microbiology. 55, Pt 9, blz. 1229-1235

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Pneumocystis carinii 100%
  • Bronchoalveolar Lavage Fluid 81%
  • Real-Time Polymerase Chain Reaction 59%
  • Pneumocystis Pneumonia 47%
  • Microscopy 41%
  56 Citaten (Scopus)

• Inter- and intratumoral heterogeneity of BCL2 correlates with IgH expression and prognosis in follicular lymphoma

  Barreca, A., Martinengo, C., Annaratone, L., Righi, L., Chiappella, A., Ladetto, M., Demurtas, A., Chiusa, L., Stacchini, A., Crosetto, N., van Oudenaarden, A. & Chiarle, R., 2014, In: Blood Cancer Journal. 4, blz. e249

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Immunoglobulin Heavy Chains 100%
  • Follicular Lymphoma 94%
  • Messenger RNA 25%
  • Lymphoma 18%
  • Proto-Oncogene Proteins c-bcl-2 17%
  14 Citaten (Scopus)

• Interactions between N-terminal Modules in MPS1 Enable Spindle Checkpoint Silencing

  Pachis, S. T., Hiruma, Y., Tromer, E. C., Perrakis, A. & Kops, G. J. P. L., 19 feb. 2019, In: Cell Reports. 26, 8, blz. 2101-2112.e6

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Kinetochores 100%
  • M Phase Cell Cycle Checkpoints 68%
  • Tetratricopeptide Repeat 38%
  • Microtubules 24%
  • Anaphase 16%
  6 Citaten (Scopus)

• Interactions among Polycomb Domains Are Guided by Chromosome Architecture

  Tolhuis, B., Blom, M., Kerkhoven, R. M., Pagie, L., Teunissen, H., Nieuwland, M., Simonis, M., de Laat, W., van Lohuizen, M. & van Steensel, B., 2011, In: PLoS Genetics. 7, 3, blz. 1001343

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  Bestand

  • chromosome 100%
  • Chromosomes 76%
  • target group 76%
  • gene 73%
  • chromosomes 62%
  147 Citaten (Scopus)

  312 Downloads (Pure)

• Integrin alphaIIb (CD41) plays a role in the maintenance of hematopoietic stem cell activity in the mouse embryonic aorta

  Boisset, J. C., Clapes, T., van der Linden, R., Dzierzak, E. & Robin, C., 2013, In: Biology Open. 2, 5, blz. 525-532

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Platelet Membrane Glycoprotein IIb 100%
  • hematopoietic stem cells 93%
  • Cell Activity 92%
  • integrins 84%
  • aorta 69%
  22 Citaten (Scopus)

• Integration of metabolomics, genomics, and immune phenotypes reveals the causal roles of metabolites in disease

  Chu, X., Jaeger, M., Beumer, J., Bakker, O. B., Aguirre-Gamboa, R., Oosting, M., Smeekens, S. P., Moorlag, S., Mourits, V. P., Koeken, V. A. C. M., de Bree, C., Jansen, T., Mathews, I. T., Dao, K., Najhawan, M., Watrous, J. D., Joosten, I., Sharma, S., Koenen, H. J. P. M., Withoff, S., & 13 anderenJonkers, I. H., Netea-Maier, R. T., Xavier, R. J., Franke, L., Xu, C-J., Joosten, L. A. B., Sanna, S., Jain, M., Kumar, V., Clevers, H., Wijmenga, C., Netea, M. G. & Li, Y., 06 jul. 2021, In: Genome Biology. 22, 1, blz. 198

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Metabolomics 100%
  • phenotype 98%
  • metabolomics 92%
  • Genomics 91%
  • Arachidonic Acid 91%
  30 Citaten (Scopus)

• Integrating chemical and genetic silencing strategies to identify host kinase-phosphatase inhibitor networks that control bacterial infection

  Albers, H. M. H. G., Kuijl, C., Bakker, J., Hendrickx, L., Wekker, S., Farhou, N., Liu, N., Blasco-Moreno, B., Scanu, T., den Hertog, J., Celie, P., Ovaa, H. & Neefjes, J., 21 feb. 2014, In: Nature Chemical Biology. 9, 2, blz. 414-22 9 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Phosphoric Monoester Hydrolases 100%
  • Bacterial Infections 92%
  • Phosphotransferases 76%
  • Salmonella 34%
  • Anti-Bacterial Agents 32%
  10 Citaten (Scopus)

• Integrated transcript and genome analyses reveal NKX2-1 and MEF2C as potential oncogenes in T cell acute lymphoblastic leukemia

  Homminga, I., Pieters, R., Langerak, A. W., de Rooi, J. J., Stubbs, A., Verstegen, M., Vuerhard, M., Buijs-Gladdines, J., Kooi, C., Klous, P., van Vlierberghe, P., Ferrando, A. A., Cayuela, J. M., Verhaaf, B., Beverloo, H. B., Horstmann, M., de Haas, V., Wiekmeijer, A. S., Pike-Overzet, K., Staal, F. J., & 4 anderende Laat, W., Soulier, J., Sigaux, F. & Meijerink, J. P., 2011, In: Cancer Cell. 19, 4, blz. 484-497

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Precursor T-Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma 100%
  • Oncogenes 71%
  • Genome 51%
  • MEF2 Transcription Factors 45%
  • Leukemic Gene Expression Regulation 37%
  303 Citaten (Scopus)

• Integrated genome-wide analysis of transcription factor occupancy, RNA polymerase II binding and steady-state RNA levels identify differentially regulated functional gene classes

  Mokry, M., Hatzis, P., Schuijers, J., Lansu, N., Ruzius, F. P., Clevers, H. & Cuppen, E., 2012, In: Nucleic Acids Research. 40, 1, blz. 148-158

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • RNA Polymerase II 100%
  • Transcription Factors 64%
  • RNA-Seq 60%
  • RNA 59%
  • Genome 58%
  57 Citaten (Scopus)

• Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell

  Dey, S. S., Kester, L., Spanjaard, B., Bienko, M. & van Oudenaarden, A., mrt. 2015, In: Nature Biotechnology. 33, 3, blz. 285-9 5 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Messenger RNA 100%
  • Genomics 73%
  • DNA 73%
  • Transcriptome 65%
  • Genome 48%
  381 Citaten (Scopus)

• Insulin redirects differentiation from cardiogenic mesoderm and endoderm to neuroectoderm in differentiating human embryonic stem cells.

  Freund, C. M. A. H., Ward-van Oostwaard, D., Monshouwer-Kloots, J., van den Brink, S., van Rooijen, M. A., Xu, X., Zweigerdt, R., Mummery, C. L. & Passier, R., 2008, In: Stem Cells. 26, 3, blz. 724-733

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Neural Plate 100%
  • Endoderm 92%
  • Human Embryonic Stem Cells 88%
  • Mesoderm 79%
  • Insulin 49%
  100 Citaten (Scopus)

• Insulin/IGF-1-mediated longevity is marked by reduced protein metabolism

  Stout, G. J., Stigter, E. C., Essers, P. B., Mulder, K. W., Kolkman, A., Snijders, D. S., van den Broek, N. J., Betist, M. C., Korswagen, H. C., MacInnes, A. W. & Brenkman, A. B., 2013, In: Molecular Systems Biology. 9, blz. 679

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Insulin 100%
  • Metabolism 94%
  • protein metabolism 74%
  • Protein 73%
  • Insulin Derivative 71%
  59 Citaten (Scopus)

• Insulin/IGF-1 Drives PERIOD Synthesis to Entrain Circadian Rhythms with Feeding Time

  Crosby, P., Hamnett, R., Putker, M., Hoyle, N. P., Reed, M., Karam, C. J., Maywood, E. S., Stangherlin, A., Chesham, J. E., Hayter, E. A., Rosenbrier-Ribeiro, L., Newham, P., Clevers, H., Bechtold, D. A. & O'Neill, J. S., 02 mei 2019, In: Cell. 177, 4, blz. 896-909.e20

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Somatomedins 100%
  • Circadian Rhythm 99%
  • Drive 96%
  • Insulin Derivative 96%
  • Insulin 64%
  203 Citaten (Scopus)

• In Situ Hybridization to Identify Gut Stem Cells

  Gregorieff, A. & Clevers, H., 2015, In: Current Protocols in Stem Cell Biology. 34, blz. 2F.1.1-2F.1.11

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Adult Stem Cells 100%
  • Intestinal Mucosa 90%
  • In Situ Hybridization 78%
  • Stem Cells 63%
  • Research Personnel 59%
  9 Citaten (Scopus)

• In situ hybridization to identify gut stem cells

  Gregorieff, A. & Clevers, H., 2010, In: Current Protocols in Stem Cell Biology. Chapter 2, blz. 1

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Adult Stem Cells 100%
  • Intestinal Mucosa 90%
  • In Situ Hybridization 78%
  • Stem Cells 63%
  • Research Personnel 59%
  33 Citaten (Scopus)

• Innexin7a forms junctions that stabilize the basal membrane during cellularization of the blastoderm in Tribolium castaneum

  van der Zee, M., Benton, M. A., Vazquez-Faci, T., Lamers, G. E. M., Jacobs, C. G. C. & Rabouille, C., 26 mei 2015, In: Development.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • embryo 100%
  • Egg 83%
  • insect 80%
  • Membrane 77%
  • egg 61%
  18 Citaten (Scopus)

• Innexin 3, a new gene required for dorsal closure in Drosophila embryo

  Giuliani, F., Giuliani, G., Bauer, R. & Rabouille, C., 2013, In: PLoS One. 8, 7, blz. 69212

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Cadherins 100%
  • Drosophila 92%
  • Embryonic Structures 80%
  • Ectoderm 74%
  • Genes 39%
  29 Citaten (Scopus)

• Inhibition of Super-Enhancer Activity in Autoinflammatory Site-Derived T Cells Reduces Disease-Associated Gene Expression

  Peeters, J. G. C., Vervoort, S. J., Tan, S. C., Mijnheer, G., de Roock, S., Vastert, S. J., Nieuwenhuis, E. E. S., van Wijk, F., Prakken, B. J., Creyghton, M. P., Coffer, P. J., Mokry, M. & van Loosdregt, J., 29 sep. 2015, In: Cell Reports. 12, 12, blz. 1986-96 11 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • H3K27Ac 100%
  • Enhancer 98%
  • JQ1 86%
  • Juvenile Arthritis 74%
  • Autoimmune Diseases 71%
  84 Citaten (Scopus)

• Inhibition of miR-92a improves re-endothelialization and prevents neointima formation following vascular injury

  Daniel, J-M., Penzkofer, D., Teske, R., Dutzmann, J., Koch, A., Bielenberg, W., Bonauer, A., Boon, R. A., Fischer, A., Bauersachs, J., van Rooij, E., Dimmeler, S. & Sedding, D. G., 01 sep. 2014, In: Cardiovascular Research. 103, 4, blz. 564-72 9 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Neointima 100%
  • Vascular System Injuries 85%
  • MicroRNAs 64%
  • locked nucleic acid 23%
  • Mouse Mirn92 microRNA 17%
  119 Citaten (Scopus)

• Inhibition of microRNA-92a protects against ischemia/reperfusion injury in a large-animal model

  Hinkel, R., Penzkofer, D., Zühlke, S., Fischer, A., Husada, W., Xu, Q-F., Baloch, E., van Rooij, E., Zeiher, A. M., Kupatt, C. & Dimmeler, S., 03 sep. 2013, In: Circulation. 128, 10, blz. 1066-75 10 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • locked nucleic acid 100%
  • Reperfusion Injury 62%
  • MicroRNAs 54%
  • Animal Models 46%
  • Infarction 23%
  285 Citaten (Scopus)

• Inhibition of late endosomal maturation restores Wnt secretion in Caenorhabditis elegans vps-29 retromer mutants

  Lorenowicz, M. J., Macurkova, M., Harterink, M., Middelkoop, T. C., de Groot, R., Betist, M. C. & Korswagen, H. C., jan. 2014, In: Cellular Signalling. 26, 1, blz. 19-31 13 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Endosomes 100%
  • Caenorhabditis elegans 98%
  • trans-Golgi Network 81%
  • Sorting Nexins 49%
  • Wnt Receptors 45%
  24 Citaten (Scopus)

• Inherited Ventricular Arrhythmia in Zebrafish: Genetic Models and Phenotyping Tools

  Sieliwonczyk, E., Matchkov, V. V., Vandendriessche, B., Alaerts, M., Bakkers, J., Loeys, B. & Schepers, D., 18 sep. 2021, (E-pub ahead of print) In: Reviews of physiology, biochemistry and pharmacology.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Genetic Models 100%
  • Zebrafish 91%
  • Disorder 76%
  • Cardiac Arrhythmias 75%
  • Strength 56%
  2 Citaten (Scopus)