Onderzoeksoutput

Filter
Artikel
2018

Organic management and cover crop species steer soil microbial community structure and functionality along with soil organic matter properties

Martínez-García, L. B., Korthals, G. W., Brussaard, L., Jørgensen, H. B. & De Deyn, G. B., 2018, In : Agriculture, Ecosystems and Environment. 263

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
259 Downloads (Pure)

Organic residue amendments to modulate greenhouse gas emissions from agricultural soils

Brenzinger, K., Drost, S. M., Korthals, G. W. & Bodelier, P. L. E., 2018, In : Frontiers in Microbiology. 9, 3035.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
133 Downloads (Pure)

Population bottlenecks in multicomponent viruses: First forays into the uncharted territory of genome-formula drift

Gutiérrez, S. & Zwart, M., 2018, In : Current Opinion in Virology. 33, December, blz. 184-190

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
155 Downloads (Pure)

Positive diversity-functioning relationships in model communities of methanotrophic bacteria

Schnyder, E., Bodelier, P. L. E., Hartmann, M., Henneberger, R. & Niklaus, P. A., 2018, In : Ecology. 99, 3, blz. 714-723

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
317 Downloads (Pure)

Predominance of methanogens over methanotrophs in rewetted fens characterized by high methane emissions

Wen, X., Unger, V., Jurasinski, G., Koebsch, F., Horn, F., Rehder, G., Sachs, T., Zak, D., Lischeid, G., Knorr, K-H., Böttcher, M. E., Winkel, M., Bodelier, P. L. E. & Liebner, S., 2018, In : Biogeosciences. 15, blz. 6519-6536

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
124 Downloads (Pure)

Priming of plant growth promotion by volatile compounds of root-associated Microbacterium

Cordovez, V., Schop, S., Hordijk, C. A., Dupré de Boulois, H., Coppens, F., Hanssen, I., Raaijmakers, J. M. & Carrion, V. J., 2018, In : Applied and Environmental Microbiology. 84, 22, e01865-18. .

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
209 Downloads (Pure)

Quantitative analysis of the dose–response of white spot syndrome virus in shrimp

Ngo, T. T. N., Senior, A. M., Culina, A., Santos, E. S. A., Vlak, J. M. & Zwart, M., 2018, In : Journal of Fish Diseases. 41, 11, blz. 1733-1744 12 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
391 Downloads (Pure)

Recycling organic residues in agriculture impacts soil-borne microbial community structure, function and N2O emissions.

Suleiman, A. K. A., Lourenço, K. S., Pitombo, L., Mendes, L. W., Roesch, L. F. W., Pijl, A. S., do Carmo, J. B., Cantarella, H. & Kuramae, E. E., 2018, In : Science of the Total Environment. 631-632, blz. 1089-1099

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

6 Downloads (Pure)

Relationship between home-field advantage of litter decomposition and priming of soil organic matter

Di Lonardo, P., Manrubia, M., De Boer, W., Zweers, A. J., Veen, G. F. & Van der Wal, A., 2018, In : Soil Biology & Biochemistry. 126, blz. 49-56

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
28 Downloads (Pure)

Resilience of the resident soil microbiome to organic and inorganic amendment disturbances and to temporary bacterial invasion

Lourenço, K. S., Suleiman, A. K. A., Pijl, A. S., van Veen, J. A., Cantarella, H. & Kuramae, E. E., 2018, In : Microbiome. 6, 142.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
202 Downloads (Pure)

Resistance and Recovery of Methane Oxidizing Communities depends on Stress Regime and History

van Kruistum, H., Bodelier, P. L. E., Ho, A., Meima-Franke, M. & Veraart, A. J., 2018, In : Frontiers in Microbiology. 9, 01714.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
95 Downloads (Pure)

Road MAPs to engineer host microbiomes

Oyserman, B. O., Medema, M. H. & Raaijmakers, J. M., 2018, In : Current Opinion in Microbiology. 43, June , blz. 46-54

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
3 Downloads (Pure)

Saving Seed Microbiomes

Berg, G. & Raaijmakers, J. M., 2018, In : ISME Journal. 12, blz. 1167-1170

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
5 Downloads (Pure)

Secondary metabolism and interspecific competition affect accumulation of spontaneous mutants in the gacS/gacA regulatory system in Pseudomonas protegens

Yan, Q., Lopes, L. D., Schaffer, B. T., Kidarsa, T., Vining, O., Philmus, B., Song, C., Stockwell, V. O., Raaijmakers, J. M., McPhail, K. L., Andreote, F. D., Chang, J. H. & Loper, J. E., 2018, In : mBio. 9, 1, e01845-17.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
122 Downloads (Pure)

Strategies to maintain natural biocontrol of soil-borne crop diseases during severe drought and rainfall events

Meisner, A. & De Boer, W., 2018, In : Frontiers in Microbiology. 9, 02279.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
128 Downloads (Pure)

Stripping Away the Soil: Plant Growth Promoting Microbiology Opportunities in Aquaponics

Bartelme, R. P., Oyserman, B. O., Blom, J. E., Sepulveda-Villet, O. J. & Newton, R. J., 2018, In : Frontiers in Microbiology. 9, 8.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
193 Downloads (Pure)

Sturen van bodemmicrobiomen voor plantgezondheid in de tuinbouw

Hannula, S. E., Ma, H., Pineda, A. M. & Bezemer, T. M., 14 jul 2018, In : Gewasbescherming. blz. 66

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelProfessioneel

Suppression of soil-borne Fusarium pathogens of peanut by intercropping with the medicinal herb Atractylodes lancea

Li, X., De Boer, W., Zhang, Y., Ding, C., Zhang, T. & Wang, X., 2018, In : Soil Biology & Biochemistry. 116, blz. 120 - 130

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

6 Downloads (Pure)

The distribution of sediment and water column nitrification potential in the hyper-turbid Ems estuary

Sanders, T. & Laanbroek, H. J., 01 jul 2018, In : Aquatic Sciences. 80, 4, blz. 33 1 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
129 Downloads (Pure)

The effect of isabelin, a sesquiterpene lactone from Ambrosia artemisiifolia on soil microorganisms and human pathogens

Molinaro, F., Tyc, O., Beekwilder, J., Cankar, K., Bertea, C. M., Negre, M. & Garbeva, P. V., 2018, In : FEMS Microbiology Letters. 365, 4, fny001.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
92 Downloads (Pure)

The effects of condensed tannins derived from senescing Rhizophora mangle leaves on carbon, nitrogen and phosphorus mineralization in a Distichlis spicata salt marsh soil

Zhang, Q. & Laanbroek, H. J., 2018, In : Plant and Soil. 433, 1-2, blz. 37-53

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
255 Downloads (Pure)

The rhizosphere microbiome as an auxiliary breeding component in common bean against Fusarium oxysporum

Mendes, L. W., Raaijmakers, J. M. & Mendes, R., 2018, In : Annual Report of the Bean Improvement Cooperative. LXI, 61, blz. 117-118

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijk

Open Access
Bestand
17 Downloads (Pure)

The wild side of plant microbiomes

Perez Jaramillo, J. E., Carrion, V. J., De Hollander, M. & Raaijmakers, J. M., 16 aug 2018, In : Microbiome. 6, 143

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
131 Downloads (Pure)

Tide as steering factor in structuring archaeal and bacterial ammonia-oxidizing communities in mangrove forest soils dominated by Avicennia germinans and Rhizophora mangle

Marcos, M. S., Barboza, A. D. H., Keijzer, R. M. & Laanbroek, H. J., 2018, In : Microbial Ecology. 75, 4, blz. 997-1008

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
246 Downloads (Pure)

Unraveling the causes of adaptive benefits of synonymous mutations in TEM-1 β-lactamase

Zwart, M., Schenk, M. F., Hwang, S., Koopmanschap, A. B., de Lange, N., van de Pol, L., Nga, T. T. T., Szendro, I. G., Krug, J. & de Visser, A., 2018, In : Heredity. 121, blz. 406-421 16 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
200 Downloads (Pure)

Volatile-mediated suppression of plant pathogens is related to soil properties and microbial community composition

Van Agtmaal, M., Straathof, A. L., Termorshuizen, A. J., Lievens, B., Hoffland, E. & De Boer, W., 2018, In : Soil Biology & Biochemistry. blz. 164-174

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

4 Downloads (Pure)
2017

Abundance, activity and community structure of denitrifiers in drainage ditches, in relation to sediment characteristics, vegetation and land-use

Veraart, A. J., Dimitrov, M., Schrier-Uijl, A. P., Smidt, H. & de Klein, J. J. M., 2017, In : Ecosystems. 20, 5, blz. 928-943

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
219 Downloads (Pure)

Amazonian Dark Earth and its Black Carbon Particles Harbor Different Fungal Abundance and Diversity

Reis Lucheta, A., Souza Cannavan, F. S., Tsai, S. M. & Kuramae, E. E., 2017, In : Pedosphere. 27, October, blz. 832-845

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

2 Downloads (Pure)

Antagonism between two root-associated beneficial Pseudomonas strains does not affect plant growth promotion and induced resistance against a leaf-chewing herbivore

Pangesti, N., Vandenbrande, S., Pineda, A., Dicke, M., Raaijmakers, J. M. & Van Loon, J. J. A., 2017, In : FEMS Microbiology Ecology. 93, 4, fix038.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

1 Downloads (Pure)

A simple method for measuring fungal metabolic quotient and comparing carbon use efficiency of different isolates: Application to Mediterranean leaf litter fungi

Pinzari, F., Maggi, O., Lunghini, D., Di Lonardo, P. & Persiani, A. M., 10 feb 2017, In : Plant Biosystems. 151, 2, blz. 371-376 6 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Belowground plant-herbivore interactions vary among climate-driven range-expanding plant species with different degrees of novel chemistry

Wilschut, R. A., Silva, J. C. P., Garbeva, P. V. & van der Putten, W. H., 2017, In : Frontiers in Plant Science. 8, fpls.2017.01861.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
127 Downloads (Pure)

Changing soil legacies to direct restoration of plant communities

Brinkman, E. P., Raaijmakers, C. E., De Boer, W. & van der Putten, W. H., 2017, In : AoB PLANTS. in press, plx038.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
349 Downloads (Pure)

Characterization of novel Acidobacteria exopolysaccharides with potential industrial and ecological applications

Kielak, A. M., Castellane, T. C. L., Campanharo, J. C., Colnago, L. A., Costa, O. Y. A., Corradi da Silva, M. L., van Veen, J. A., Lemos, E. G. & Kuramae, E. E., 2017, In : Scientific Reports. 7, 41193.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
192 Downloads (Pure)

Chemical ecology of antibiotic production by actinomycetes

Van der Meij, A., Worsley, S. F., Hutchings, M. I. & van Wezel, G. P., mei 2017, In : FEMS Microbiology Reviews. 41, 3, blz. 392-416

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

1 Downloads (Pure)

Current insights into the role of rhizosphere bacteria in disease suppressive soils

Gómez Expósito, R., De Bruijn, I., Postma, J. & Raaijmakers, J. M., 2017, In : Frontiers in Microbiology. 2529.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
224 Downloads (Pure)

Differential responses of soil bacteria, fungi, archaea and protists to plant species richness and plant functional group identity

Dassen, S., Cortois, R., Martens, H., De Hollander, M., Kowalchuk, G. A., van der Putten, W. H. & De Deyn, G. B., 2017, In : Molecular Ecology. 26, 15, blz. 4085-4098

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
429 Downloads (Pure)

Dinner in the dark: Illuminating drivers of soil organic matter decomposition

van der Wal, A. & De Boer, W., feb 2017, In : Soil Biology & Biochemistry. 105, blz. 45-48 4 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

28 Downloads (Pure)

Effect of Temperature on Oxygen Profiles and Denitrification Rates in Freshwater Sediments

de Klein, J. J. M., Overbeek, C. C., Juncher Jørgensen, C. & Veraart, A. J., 2017, In : Wetlands. 37, 5, blz. 975-983

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
292 Downloads (Pure)

Effects of bio-based residue amendments on greenhouse gas emission from agricultural soil are stronger than effects of soil type with different microbial community composition.

Ho, A., Ijaz, U. Z., Janssens, T., Ruijs, R., Kim, S. Y., De Boer, W., Termorshuizen, A. J., van der Putten, W. H. & Bodelier, P. L. E., 2017, In : Global Change Biology Bioenergy. 9, 12, blz. 1707-1720

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
392 Downloads (Pure)

Exploring bacterial interspecific interactions for discovery of novel antimicrobial compounds

Tyc, O., de Jager, V. C. L., Van den Berg, M., Gerards, S., Janssens, T., Zaagman, N., Kai, M., Svatos, A., Zweers, A. J., Hordijk, C. A., Besselink, H., De Boer, W. & Garbeva, P. V., 2017, In : Microbial Biotechnology. 10, 4, blz. 910-925

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
284 Downloads (Pure)

Exploring the reservoir of potential fungal plant pathogens in agricultural soil

Van Agtmaal, M., Straathof, A. L., Termorshuizen, A. J., Teurlincx, S., Hundscheid, M. P. J., Ruyters, S., Busschaert, P., Lievens, B. & De Boer, W., 2017, In : Applied Soil Ecology. 121, blz. 152-160

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

2 Downloads (Pure)

Functional traits dominate the diversity-related selection of bacterial communities in the rhizosphere

Yan, Y., Kuramae, E. E., De Hollander, M., Klinkhamer, P. G. L. & van Veen, J. A., 2017, In : ISME Journal. 11, blz. 56-66

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

31 Downloads (Pure)

Fungal diversity and potential tree pathogens in decaying logs and stumps

Van der Wal, A., Klein Gunnewiek, P. J. A., De Hollander, M. & De Boer, W., 2017, In : Forest Ecology and Management. 406, blz. 266-273

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

2 Downloads (Pure)

Fungal volatile compounds induce production of the secondary metabolite Sodorifen in Serratia plymuthica PRI-2C

Schmidt, R. L., de Jager, V. C. L., Zühlke, D., Wolff, C., Bernhardt, J., Cankar, K., Beekwilder, J., van Ijcken, W., Sleutels, F., De Boer, W., Riedel, K. & Garbeva, P. V., 2017, In : Scientific Reports. 7, 862 .

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
423 Downloads (Pure)

Fungus-associated bacteriome in charge of their host behaviour

Schulz-Bohm, K., Tyc, O., De Boer, W., Peereboom, N., Debets, F., Zaagman, N., Janssens, T. K. S. & Garbeva, P., 2017, In : Fungal Genetics and Biology. 102, blz. 38-48

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
278 Downloads (Pure)

Genome-wide analysis of bacterial determinants of plant growth promotion and induced systemic resistance by Pseudomonas fluorescens

Cheng, X., Etalo, D. W., van de Mortel, J. E., Dekkers, E., Nguyen, L., Medema, M. H. & Raaijmakers, J. M., 2017, In : Environmental Microbiology. 19, 11, blz. 4638-4656

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
190 Downloads (Pure)

Legacy effects of continuous chloropicrin-fumigation for 3-years on soil microbial community composition and metabolic activity

Zhang, S., Liu, X., Jiang, Q., Shen, G. & Ding, W., 18 sep 2017, In : AMB Express. 7, 1, blz. 178 1 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
125 Downloads (Pure)

Linking rhizosphere microbiome composition of wild and domesticated Phaseolus vulgaris to genotypic and root phenotypic traits

Perez Jaramillo, J. E., Carrion, V. J., Bosse, M., Ferrão, L. F. V., De Hollander, M., Garcia, A. A. F., Ramirez, C. A., Mendez, R. & Raaijmakers, J. M., 2017, In : ISME Journal. 11, blz. 2244-2257

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
275 Downloads (Pure)

Low abundant soil bacteria can be metabolically versatile and fast growing

Kurm, V., van der Putten, W. H., De Boer, W., Naus-Wiezer, S. M. H. & Hol, W. H. G., 2017, In : Ecology. 98, 2, blz. 555-564

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
224 Downloads (Pure)

Membrane Interactions of Natural Cyclic Lipodepsipeptides of the Viscosin Group

Geudens, N., Nasir, M. N., Crowet, J-M., Raaijmakers, J. M., Fehér, K., Coenye, T., Martins, J. C., Lins, L., Sinnaeve, D. & Deleu, M., 2017, In : Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes. 1859, 3, blz. 331-339 9 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review