Onderzoeksoutput

Filter
Artikel
2016

Living on the edge: emergence of spontaneous gac mutations in Pseudomonas protegens during swarming motility

Song, C., Kidarsa, T., van de Mortel, J., Loper, J. E. & Raaijmakers, J. M., 2016, In : Environmental Microbiology. 18, 10, blz. 3453-3465

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

5 Downloads (Pure)

Metabolic profiling as a tool for prioritizing antimicrobial compounds

Wu, C., Choi, Y. H. & van Wezel, G. P., mrt 2016, In : Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. 43, 2-3, blz. 299-312

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
185 Downloads (Pure)

Microbial small talk: volatiles in fungal-bacterial interactions

Schmidt, R., Etalo, D. N., de Jager, V. C. L., Gerards, S., Zweers, H., De Boer, W. & Garbeva, P. V., 2016, In : Frontiers in Microbiology. 6, 01495.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
294 Downloads (Pure)

Nitrous oxide emission related to ammonia-oxidizing bacteria and mitigation options from N fertilization in a tropical soil

Soares, J. R., Cassman, N., Kielak, A. M., Pijl, A. S., do Carmo, J. B., Lourenço, K. S., Laanbroek, H. J., Cantarella, H. & Kuramae, E. E., 2016, In : Scientific Reports. 6, 30349.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
291 Downloads (Pure)

Optimized medium culture for Acidobacteia subdivision 1 strains

Campanharo, J. C., Kielak, A. M., Castellane, T. C., Kuramae, E. E. & Lemos, E. G., 2016, In : FEMS Microbiology Letters. 363, 21, fnw245.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

3 Downloads (Pure)

Patterns of natural fungal community assembly during initial decay of coniferous and broadleaf tree logs

Van der Wal, A., Klein Gunnewiek, P. J. A., Cornelissen, J. H. C., Crowther, T. W. & De Boer, W., 2016, In : Ecosphere. 7, 7, 1393.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
428 Downloads (Pure)

Phylogenetic relationships of Rhizoctonia fungi within the Cantharellales

Gonzalez, D., Rodriguez-Carres, M., Boekhout, T., Stalpers, J., Kuramae, E. E., Nakatani, A. K., Vilgalys, R. & Cubeta, M. A., apr 2016, In : Fungal Biology. 120, 4, blz. 603-619

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

23 Downloads (Pure)

Plant and soil fungal but not soil bacterial communities are linked in long-term fertilized grassland.

Cassman, N., Leite, M. F. A., Pan, Y., De Hollander, M., van Veen, J. A. & Kuramae, E. E., 2016, In : Scientific Reports. 6, 23680.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
209 Downloads (Pure)

Potential of sulfate reduction in mangrove forest soils: Comparison between two dominant species of the Americas

Balk, M., Keuskamp, J. & Laanbroek, H. J., 2016, In : Frontiers in Microbiology. in press, 2016.01855.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
194 Downloads (Pure)

Primer Sets Developed for Functional Genes Reveal Shifts in Functionality of Fungal Community in Soils

Hannula, S. E. & van Veen, J. A., 2016, In : Frontiers in Microbiology. 7, fmicb.2016.01897.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
130 Downloads (Pure)

Recent and dynamic transposable elements contribute to genomic divergence under asexuality

Ferreira de Carvalho, J. L., de Jager, V. C. L., Van Gurp, T. P., Wagenmaker, N. & Verhoeven, K. J. F., 2016, In : BMC Genomics. 17, 884.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
93 Downloads (Pure)

Recurrence and frequency of disturbance have cumulative effect on methanotrophic activity, abundance, and community structure.

Ho, A., van den Brink, E., Reim, A., Krause, S. & Bodelier, P. L. E., 2016, In : Frontiers in Microbiology. 6, 01493.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
379 Downloads (Pure)

Resilience of (seed bank) aerobic methanotrophs and methanotrophic activity to desiccation and heat stress.

Ho, A., Lueke, C., Reim, A. & Frenzel, P., 2016, In : Soil Biology & Biochemistry. 101, October, blz. 130-138

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

5 Downloads (Pure)

Role of the GacS Sensor Kinase in the Regulation of Volatile Production by Plant Growth-Promoting Pseudomonas fluorescens SBW25

Cheng, X., Cordovez, V., Etalo, D. W., van der Voort, M. & Raaijmakers, J. M., 18 nov 2016, In : Frontiers in Plant Science. 7, blz. 1706 1 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
150 Downloads (Pure)

Selecting cost effective and policy-relevant biological indicators for European monitoring of soil biodiversity and ecosystem function

Griffiths, B. S., Römbke, J., Schmelz, R. M., Scheffczyk, A., Faber, J. H., Bloem, J., Pérès, G., Cluzeau, D., Chabbi, A., Suhadolc, M., Sousa, J. P., Martins Da Silva, P., Carvalho, F., Mendes, S., Morais, P., Francisco, R., Pereira, C., Bonkowski, M., Geisen, S., Bardgett, R. D. & 19 anderen, De Vries, F. T., Bolger, T., Dirilgen, T., Schmidt, O., Winding, A., Hendriksen, N. B., Johansen, A., Philippot, L., Plassart, P., Bru, D., Thomson, B., Griffiths, R. I., Bailey, M. J., Keith, A., Rutgers, M., Mulder, C., Hannula, S. E., Creamer, R. & Stone, D., 01 okt 2016, In : Ecological Indicators. 69, blz. 213-223

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

4 Downloads (Pure)

Soil immune responses

Raaijmakers, J. M. & Mazzola, M., 16 jun 2016, In : Science. 352, 6292, blz. 1392-1393 2 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
10 Downloads (Pure)

Specific impacts of beech and Norway spruce on the structure and diversity of the rhizosphere and soil microbial communities

Uroz, S., Oger, P., Tisserand, E., Cebron, A., Turpault, M. -P., Buee, M., De Boer, W., Leveau, J. H. J. & Frey-Klett, P., 15 jun 2016, In : Scientific Reports. 6

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
228 Downloads (Pure)

Stimulation of methane oxidation potential and effects on vegetation growth by bottom ash addition in a landfill final evapotranspiration cover

Kim, G. W., Ho, A., Kim, P. J. & Kim, S. Y., 2016, In : Waste Management. 55, September, blz. 306-312

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

3 Downloads (Pure)

Subcompartmentalization by cross-membranes during early growth of Streptomyces hyphae

Yagüe, P., Willemse, J., Koning, R. I., Rioseras, B., López-García, M. T., Gonzalez-Quiñonez, N., Lopez-Iglesias, C., Shliaha, P. V., Rogowska-Wrzesinska, A., Koster, A. J., Jensen, O. N., van Wezel, G. P. & Manteca, Á., 12 aug 2016, In : Nature Communications. 7, blz. 12467 EP -

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
141 Downloads (Pure)

Substrate Inhibition of VanA by D-Alanine Reduces Vancomycin Resistance in a VanX-Dependent Manner

van der Aart, L. T., Lemmens, N., van Wamel, W. J. & van Wezel, G. P., 2016, In : Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 60, 8, blz. 4930-4939 10 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

4 Downloads (Pure)

Suppressing methane emission and global warming potential from rice fields through intermittent drainage and green biomass amendment

Haque, M. M., Biswas, J. C., Kim, S. Y. & Kim, P. J., mrt 2016, In : Soil Use and Management. 32, 1, blz. 72-79

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

1 Downloads (Pure)

Symplasmata are a clonal, conditional, and reversible type of bacterial multicellularity

Tecon, R. & Leveau, J. H. J., 18 aug 2016, In : Scientific Reports. 6, 31914.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
232 Downloads (Pure)

Temporal variability of soil microbial communities after application of dicyandiamide-treated swine slurry and mineral fertilizers

Suleiman, A. K. A., Gonzatto, R., Aita, C., Lupatini, M., Jacques, R., Kuramae, E. E., Antoniolli, Z. & Roesch, L., 2016, In : Soil Biology & Biochemistry. 97, blz. 71-82

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

7 Downloads (Pure)

The ecology of Acidobacteria: moving beyond genes and genomes

Kielak, A. M., Barreto, C. C., Kowalchuk, G. A., van Veen, J. A. & Kuramae, E. E., 2016, In : Frontiers in Microbiology. 744.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
380 Downloads (Pure)

The effect of bacterial community members on the proteome of the ammonia-oxidizing bacterium Nitrosomonas sp. Is79

Sedlacek, C. J., Nielsen, S., Greis, K. D., Haffey, W. D., Revsbech, N. P., Ticak, T., Laanbroek, H. J. & Bollmann, A., 2016, In : Applied and Environmental Microbiology. 82, 15, blz. 4776-4788

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
228 Downloads (Pure)

The impact of tropical forest logging and oil palm agriculture on the soil microbiome

Tripathi, B. M., Edwards, D. P., Mendes, L. W., Kim, M., Dong, K., Kim, H. & Adams, J. M., 2016, In : Molecular Ecology. 25, 10, blz. 2244-2257 14 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

6 Downloads (Pure)

The sapro-rhizosphere: Carbon flow from saprotrophic fungi into fungus-feeding bacteria

Ballhausen, M-B. & De Boer, W., 2016, In : Soil Biology & Biochemistry. 102, November, blz. 14-17

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

16 Downloads (Pure)

Trait differentiation within the fungus-feeding (mycophagous) bacterial genus Collimonas

Ballhausen, M-B., Vandamme, P. & De Boer, W., 16 jun 2016, In : PLoS One. 11, 6, e0157552.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
184 Downloads (Pure)

Unexpected stimulation of CH4 emissions under continuous no-tillage system in mono-rice paddy soils during cultivation

Kim, S. Y., Gutierrez, J. & Kim, P. J., 01 apr 2016, In : Geoderma. 267, blz. 34-40

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

1 Downloads (Pure)

Validation of the AlamarBlue® assay as a fast screening method to determine the antimicrobial activity of botanical extracts

Tyc, O., Tomás-Menor, L., Garbeva, P. V., Barrajón-Catalán, E. & Micol, V., 2016, In : PLoS One. 11, 12, e0169090.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
143 Downloads (Pure)

Wood Degradation by Thermotolerant and Thermophilic Fungi for Sustainable Heat Production

Caizan Juanarena, L., ter Heijne, A., Buisman, C. & Van der Wal, A., 2016, In : ACS Sustainable Chemistry & Engineering. 4, 12, blz. 6355-6361

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

2015

A bioassay to compare the disease suppressive capacity of pasture soils

Dignam, B. E. A., O'Callaghan, M., Condron, L. M., Raaijmakers, J. M., Kowalchuk, G. A. & Wakelin, S. A., 2015, In : New Zealand Plant Protection. 68, blz. 151-159 9 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
268 Downloads (Pure)

A fragrant neighborhood: Volatile mediated bacterial interactions in soil

Schulz-Bohm, K., Zweers, H., De Boer, W. & Garbeva, P., 2015, In : Frontiers in Microbiology. 6, 01212.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
258 Downloads (Pure)

Amazonian Dark Earth and plant species from the Amazon region contribute to shape rhizosphere bacterial communities

Barbosa Lima, A., Souza Cannavan, F. S., Navarrete, A. A., Kuramae, E. E., Teixeira, W. G. & Tsai, S. M., 2015, In : Microbial Ecology. 69, 4, blz. 855-866

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

1 Downloads (Pure)

Ammonia-limited conditions cause of Thaumarchaeal dominance in volcanic grassland soil

Daebeler, A., Bodelier, P. L. E., Hefting, M. M. & Laanbroek, H. J., 2015, In : FEMS Microbiology Ecology. 91, 3, fiv014.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
229 Downloads (Pure)

A novel salt-tolerant chitobiosidase discovered by genetic screening of a metagenomic library derived from chitin-amended agricultural soil: Applied Microbiology and Biotechnology

Cretoiu, M., Berini, F., Kielak, A., Marinelli, F. & van Elsas, J., 2015, In : Applied Microbiology and Biotechnology. 99, 19, blz. 8199-8215 17 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
161 Downloads (Pure)

Antifungal rhizosphere bacteria can increase as response to the presence of saprotrophic fungi

De Boer, W., Hundscheid, M. P. J., Klein Gunnewiek, P. J. A., De Ridder-Duine, A. S., Thion, C., van Veen, J. A. & Van der Wal, A., 2015, In : PLoS One. 10, 9, e0137988.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
283 Downloads (Pure)

A study on coupling and coordinating development mechanism of China's low-carbon development and environmental resources system

Cong, H., Zou, D., Wu, F. & Zhang, Q., 2015, In : Nature Environment and Pollution Technology. 14, 3, blz. 611-619 9 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
24 Downloads (Pure)

Baiting of bacteria with hyphae of common soil fungi revealed a diverse group of potentially mycophagous secondary consumers in the rhizosphere

Rudnick, M. B., van Veen, J. A. & de Boer, W., 2015, In : Soil Biology & Biochemistry. 88, September, blz. 73-82

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
128 Downloads (Pure)

Beyond nitrogen: the importance of phosphorus for CH4 oxidation in soils and sediments

Veraart, A. J., Steenbergh, A. K., Ho, A., Kim, S. Y. & Bodelier, P. L. E., 2015, In : Geoderma. 259-260, December, blz. 337-346

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

6 Downloads (Pure)

Biofiltration of Methane from Ruminants Gas Effluent Using Autoclaved Aerated Concrete as the Carrier Material

Ganendra, G., Mercado-Garcia, D., Hernandez-Sanabria, E., Peiren, N., De Campeneere, S., Ho, A. & Boon, N., 2015, In : Chemical Engineering Journal. 277, blz. 318-323

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
134 Downloads (Pure)

Biogenic concrete protection driven by the formate oxidation by Methylocystis parvus OBBP

Ganendra, G., Wang, J., Ramos, J. A., Derluyn, H., Rahier, H., Cnudde, V., Ho, A. & Boon, N., 2015, In : Frontiers in Microbiology. 6, 786.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
245 Downloads (Pure)

Combined effects of carbon, nitrogen and phosphorus on CH4 production and denitrification in wetland sediments

Kim, S. Y., Veraart, A., Meima-Franke, M. & Bodelier, P., 2015, In : Geoderma. Online, blz. 354-361

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
222 Downloads (Pure)

Comparative genomics and metabolic profiling of the genus Lysobacter

De Bruijn, I., Cheng, X., de Jager, V. C. L., Gómez Expósito, R., Watrous, J., Patel, N., Postma, J., Dorrestein, P. C., Kobayashi, D. & Raaijmakers, J. M., 2015, In : BMC Genomics. 16, 991.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
273 Downloads (Pure)

Compositional and functional stability of aerobic methane consuming communities in drained and rewetted peat meadows

Krause, S., Niklaus, P. A., Morcillo, S. B., Meima-Franke, M., Lüke, C., Reim, A. & Bodelier, P. L. E., 2015, In : FEMS Microbiology Ecology. 91, 11, fiv119.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
166 Downloads (Pure)

Context dependency and saturating effects of loss of rare soil microbes on plant productivity

Hol, G., De Boer, W., de Hollander, M., Kuramae, E. E., Meisner, A. & van der Putten, W., 2015, In : Frontiers in Plant Science. 6, 485.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
244 Downloads (Pure)

Cross-kingdom similarities in microbiome functions

Mendes, R. & Raaijmakers, J. M., 2015, In : ISME Journal. 9, blz. 1905-1907

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Diazotrophic methanotrophs in peatlands: the missing link?

Ho, A. & Bodelier, P., 2015, In : Plant and Soil. 389, 1-2, blz. 419-423

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

10 Downloads (Pure)

Diversity and activity of Lysobacter species from disease suppressive soils

Gómez Expósito, R., Postma, J., Raaijmakers, J. M. & de Bruijn, I., 2015, In : Frontiers in Microbiology. 6, 1243, 2015.01243.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
260 Downloads (Pure)

Diversity and functions of volatile organic compounds produced by Streptomyces from a disease-suppressive soil

Cordovez, V., Carrion, V., Etalo, D. W., Mumm, R., Zhu, H., Van Wezel, G. P. & Raaijmakers, J. M., 2015, In : Frontiers in Microbiology. 6

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
520 Downloads (Pure)