Onderzoeksoutput

Filter
Artikel
2015

The novel lipopeptide Poaeamide of the endophyte Pseudomonas poae RE*1-1-14 is involved in pathogen suppression and root colonization

Zachow, C., Jahanshah, G., de Bruijn, I., Song, C., Ianni, F., Pataj, Z., Gerhardt, H., Pianet, I., Lämmerhofer, M., Berg, G., Gross, H. & Raaijmakers, J. M., 2015, In : Molecular Plant-Microbe Interactions. 28, 7, blz. 800-810

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
149 Downloads (Pure)

The Rsm regulon of plant growth-promoting Pseudomonas fluorescens SS101: role of small RNAs in regulation of lipopeptide biosynthesis

Song, C., van der Voort, M., van de Mortel, J., Hassan, K., Elbourne, L. D. H., Paulsen, I. T., Loper, J. E. & Raaijmakers, J., 2015, In : Microbial Biotechnology. 8, 2, blz. 296-310

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
184 Downloads (Pure)

Unexpected stimulation of soil methane uptake as emergent property of agricultural soils following bio-based residue application

Ho, A., Reim, A., Kim, S. Y., Meima-Franke, M., Termorshuizen, A. J., De Boer, W., Van der Putten, W. H. & Bodelier, P. L. E., 2015, In : Global Change Biology. 21, 10, blz. 3864-3879

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

4 Downloads (Pure)

Verrucomicrobial community structure and size as indicators for changes in chemical factors linked to soil fertility

Navarrete, A. A., Soares, T., Rosetto, R., Van Veen, J. A., Tsai, S. M. & Kuramae, E. E., 2015, In : Antonie Van Leeuwenhoek International Journal of General and Molecular Microbiology. 108, 3, blz. 741-752

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
320 Downloads (Pure)

Volatile affairs in microbial interactions

Schmidt, R., Cordovez, V., De Boer, W., Raaijmakers, J. & Garbeva, P., 2015, In : ISME Journal. 9, blz. 2329-2335

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

15 Downloads (Pure)

Volatiles in inter-specific bacterial interactions

Tyc, O., Zweers, H., De Boer, W. & Garbeva, P. V., 2015, In : Frontiers in Microbiology. 6, 2015.01412.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
618 Downloads (Pure)
2014

Atmospheric methane oxidizers are present and active in Canadian high Arctic soils

Martineau, C., Pan, Y., Bodrossy, L., Yergeau, E., Whyte, L. G. & Greer, C. W., 2014, In : FEMS Microbiology Ecology. 89, 2, blz. 257-269 13 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

2 Downloads (Pure)

Atmospheric methane removal by methane-oxidizing bacteria immobilized on porous building materials

Ganendra, G., De Muynck, W., Ho, A., Hoefman, S., De Vos, P., Boeckx, P. & Boon, N., 2014, In : Applied Microbiology and Biotechnology. 98, 8, blz. 3791-3800

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

1 Downloads (Pure)

Bacterial communities in chitin-amended soil as revealed by 16S rRNA gene based pyrosequencing

Cretoiu, M. S., Kielak, A. M., Schluter, A. & van Elsas, J. D., 2014, In : Soil Biology & Biochemistry. 76, blz. 5-11

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

11 Downloads (Pure)

Biodiversity and ecology of soil fungi in a primary succession of a temperate coastal dune system

Prenafeta-Boldu, F. X., Summerbell, R. C., De Boer, W., Boschker, H. T. S. & Gams, W., 2014, In : Nova Hedwigia. 99, 3-4, blz. 347-372

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

14 Downloads (Pure)

Biosynthetic genes and activity spectrum of antifungal polyynes from Collimonas fungivorans Ter331

Fritsche, K., Van den Berg, M., De Boer, W., Van Beek, T. A., Raaijmakers, J. M., Van Veen, J. A. & Leveau, J. H. J., 2014, In : Environmental Microbiology. 16, 5, blz. 1334-1345

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
354 Downloads (Pure)

Biosynthetic Origin of the Antibiotic Cyclocarbamate Brabantamide A (SB-253514) in Plant-Associated Pseudomonas

Schmidt, Y., van der Voort, M., Crüsemann, M., Piel, J., Josten, M., Sahl, H-G., Miess, H., Raaijmakers, J. M. & Gross, H., 2014, In : ChemBioChem. 15, 2, blz. 259-266

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

1 Downloads (Pure)

Cattle Manure Enhances Methanogens Diversity and Methane Emissions Compared to Swine Manure under Rice Paddy

Kim, S. Y., Pramanik, P., Bodelier, P. L. E. & Kim, P. J., 2014, In : PLoS One. 9, 12, e113593.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
201 Downloads (Pure)

CGtag: complete genomics toolkit and annotation in a cloud-based Galaxy: Technical Note

Hiltemann, S., Mei, H., de Hollander, M., Palli, I., van der Spek, P., Jenster, G. & Stubbs, A., 24 jan 2014, In : GigaScience. 3, 1.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
72 Downloads (Pure)

Competitive interactions between methane- and ammonia-oxidizing bacteria modulate carbon and nitrogen cycling in paddy soil

Zheng, Y., Huang, R., Wang, B., Bodelier, P. L. E. & Jia, Z., 2014, In : Biogeosciences. 11, blz. 3353-3368

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
592 Downloads (Pure)

Deciphering microbial landscapes of fish eggs to mitigate emerging diseases

Liu, Y., De Bruijn, I., Jack, A., Drynan, K., van den Berg, A. H., Thoen, E., Sandoval-Sierra, V., Skaar, I., van West, P., Diéguez-Uribeondo, J., van der Voort, M., Mendes, R., Mazzola, M. & Raaijmakers, J. M., 2014, In : ISME Journal. 8, blz. 2002-2014

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Discovery of new regulatory genes of lipopeptide biosynthesis in Pseudomonas fluorescens

Song, C., Aundy, K., van de Mortel, J. & Raaijmakers, J. M., 2014, In : FEMS Microbiology Letters. 356, 2, blz. 166-175

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

4 Downloads (Pure)

Do genetic modifications in crops affect soil fungi? a review

Hannula, S. E., De Boer, W. & Van Veen, J. A., 2014, In : Biology and Fertility of Soils. 50, 3, blz. 433-446

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
597 Downloads (Pure)

Draft Genome Sequence of Pedobacter sp. Strain V48, Isolated from a Coastal Sand Dune in the Netherlands

Bitzer, A. S., Garbeva, P. V. & Silby, M. W., 2014, In : Genome Announcements. 2, 1, e00094-14.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
292 Downloads (Pure)

Ecologie van bodemmicro-organismen: de basis voor een gezonde bodem : inauguratie

De Boer, W., 2014, In : Gewasbescherming. 45, 1, blz. 5-6

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelProfessioneel

Open Access
Bestand
90 Downloads (Pure)

Ectomycorrhizal Cortinarius species participate in enzymatic oxidation of humus in northern forest ecosystems

Bodeker, I. T. M., Clemmensen, K. E., De Boer, W., Martin, F., Olson, A. & Lindahl, B. D., 2014, In : New Phytologist. 203, 1, blz. 245-256

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access

Effect of redox conditions on bacterial community structure in Baltic Sea sediments with contrasting redox conditions

Steenbergh, A. K., Bodelier, P. L. E., Slomp, C. P. & Laanbroek, H. J., 2014, In : PLoS One. 9, 3, e92401.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
260 Downloads (Pure)

Effects of increased summer flooding on nitrogen dynamics in impounded mangroves

Verhoeven, J. T. A., Laanbroek, H. J., Rains, M. & Whigham, D. F., 2014, In : Journal of Environmental Management. 139, blz. 217-226

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Factors affecting methane efluxes from terrestrial ecosystems: editorial

Bodelier, P. L. E., 2014, In : Plant and Soil. Virtual special issue nr 4

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijk

2 Downloads (Pure)

Formate oxidation driven calcium carbonate precipitation by Methylocystis parvus OBBP

Ganendra, G., De Muynck, W., Ho, A., Arvaniti, EC., Hosseinkhani, B., Ramos, JA., Rahier, H. & Boon, N., 2014, In : Applied and Environmental Microbiology. 80, 15, blz. 4659-4667

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
129 Downloads (Pure)

Impact of interspecific interactions on antimicrobial activity among soil bacteria

Tyc, O., Van den Berg, M., Gerards, S., Van Veen, J. A., Raaijmakers, J., De Boer, W. & Garbeva, P., 2014, In : Frontiers in Microbiology. 5, 567.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
529 Downloads (Pure)

Impact of long term N, P, K and NPK fertilization on the composition and potential functions of bacterial community in grassland soil

Pan, Y., Cassman, N., De Hollander, M., Mendes, L. W., Korevaar, H., Geerts, R. H. E. M., Van Veen, J. A. & Kuramae, E. E., 2014, In : FEMS Microbiology Ecology. 90, 1, blz. 195-205

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

5 Downloads (Pure)

Interactions between methane and the nitrogen cycle in light of climate change

Bodelier, P. L. E. & Steenbergh, A. K., 2014, In : Current Opinion in Environmental Sustainability. 9-10, October, blz. 26-36

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
1288 Downloads (Pure)

Interactions between Thaumarchaea, Nitrospira and methanotrophs modulate autotrophic nitrification in volcanic grassland soil

Daebeler, A., Bodelier, P. L. E., Yan, Z., Hefting, M. M., Jia, Z. & Laanbroek, H. J., 2014, In : ISME Journal. 8, blz. 2397-2410

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

2 Downloads (Pure)

Linking microbial diversity to the functioning of soil food webs

Heijboer, A., Kowalchuk, G., Bodelier, P., Bloem, J., Jousset, A. & De Ruiter, P. C., 2014, In : Nieuwsbrief Onderzoeksprogramma Biodiversiteit Werkt. 2014, blz. 13-16

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelProfessioneel

Open Access
Bestand
48 Downloads (Pure)

Mangotoxin production of Pseudomonas syringae pv. syringae is regulated by MgoA

Carrión, V. J., van der Voort, M., Arrebola, E., Gurierrez-Barranquero, J. A., de Vicente, A., Raaijmakers, J. M. & Cazorla, F. M., 2014, In : BMC Microbiology. 14, blz. 46

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
312 Downloads (Pure)

Network topology reveals high connectance levels and few key microbial genera within soils

Lupatini, M., Suleiman, A., Jacques, R., Antoniolli, Z., de Siqueira Ferreira, A., Kuramae, E. E. & Roesch, L., 2014, In : Frontiers in Environmental Science. 2, 10.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
668 Downloads (Pure)

No effects of experimental warming but contrasting seasonal patterns for soil peptidase and glycosidase enzymes in a sub-arctic peat bog

Weedon, J. T., Aerts, R., Kowalchuk, G. A. & Van Bodegom, P. M., 2014, In : Biogeochemistry. 117, 1, blz. 55-66

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

2 Downloads (Pure)

Off the wall [bacterial proliferation]

Claessen, D. & van Wezel, G. P., 2014, In : eLife. 3, e05427.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
96 Downloads (Pure)

Plant-soil feedbacks of exotic plant species across life forms: a meta-analysis

Meisner, A., Hol, W. H. G., De Boer, W., Krumins, J. A., Wardle, D. A. & Van der Putten, W. H., 2014, In : Biological Invasions. 16, 12, blz. 2551-2561

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
248 Downloads (Pure)

Plasmid-encoded iron uptake systems

Di Lorenzo, M. & Stork, M., 2014, In : Microbiology spectrum. 2, 2, PLAS-0030-2014.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
95 Downloads (Pure)

Remarkable recovery and colonization behaviour of methane oxidizing bacteria in soil after disturbance is controlled by methane source only

Pan, Y., Abell, G. C. J., Bodelier, P. L. E., Meima-Franke, M., Sessitsch, A. & Bodrossy, L., 2014, In : Microbial Ecology. 68, 2, blz. 259-270

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

1 Downloads (Pure)

Soil-borne microbial functional structure across different land uses

Kuramae, E. E., Zhou, J., Kowalchuk, G. A. & Van Veen, J. A., 2014, In : The Scientific World Journal. 2014, blz. 216071

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
326 Downloads (Pure)

Sulphur-oxidising and Sulphate-reducing Communities in Brazilian Mangrove Sediments

Varon-Lopez, M., Dias, A. C. F., Fasanella, C. C., Durrer, A., Melo, I. S., Kuramae, E. E. & Andreote, F. D., 2014, In : Environmental Microbiology. 16, 3, blz. 845-855

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

2 Downloads (Pure)

Taxonomical and functional microbial community selection in soybean rhizosphere

Mendes, L. W., Kuramae, E. E., Navarrete, A. A., Van Veen, J. A. & Tsai, S. M., 2014, In : ISME Journal. 8, blz. 1577-1587

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

The influence of human settlement on the distribution and diversity of iron-oxidizing bacteria belonging to the Gallionellaceae in tropical streams

Reis, M. P., Avila, M. P., Costa, P. S., Barbosa, F. A. R., Laanbroek, H. J., Chartone-Souza, E. & Nascimento, A. M. A., 2014, In : Frontiers in Microbiology. 5, 630.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
206 Downloads (Pure)

The more, the merrier: heterotroph richness stimulates methanotrophic activity.

Ho, A., De Roy, K., Thas, O., De Neve, J., Hoefman, S., Vandamme, P., Heylen, K. & Boon, N., 2014, In : ISME Journal. 8, blz. 1945-1948

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

1 Downloads (Pure)

The northward shifting neophyte Tragopogon dubius is just as effective in forming mycorrhizal associations as the native T. pratensis

van Grunsven, R. H. A., Yuwati, T-W., Kowalchuk, G. A., van der Putten, W. H. & Veenendaal, E. M., 2014, In : Plant Ecology & Diversity. 7, 4, blz. 533-539 7 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

5 Downloads (Pure)

Trait-based approaches for understanding microbial biodiversity and ecosystem functioning

Krause, S., Le Roux, X., Niklaus, P. A., van Bodegom, P. M., Lennon, J. T., Bertilsson, S. A., Grossart, H. P., Philippot, L. & Bodelier, P. L. E., 2014, In : Frontiers in Microbiology. 5, blz. 251

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
356 Downloads (Pure)

Transcriptional profiling of Gram-positive Arthrobacter in the phyllosphere: induction of pollutant degradation genes by natural plant phenolic compounds

Scheublin, T. R., Deusch, S., Moreno-Forero, S. K., Müller, J. A., van der Meer, J. R. & Leveau, J. H. J., 2014, In : Environmental Microbiology. 16, 7, blz. 2212-2225

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
380 Downloads (Pure)

Unravelling the Microbiome of Eggs of the Endangered Sea Turtle Eretmochelys imbricata Identifies Bacteria with Activity against the Emerging Pathogen Fusarium falciforme

Sarmiento-Ramirez, J. M., van der Voort, M., Raaijmakers, J. M. & Dieguez-Uribeondo, J., 2014, In : PLoS One. 9, 4, e95206.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
322 Downloads (Pure)

Vergelijking van de genoomsequenties en metabolietprofielen van vijf Lysobacter-stammen geïsoleerd uit de bodem

De Bruijn, I., 2014, In : Gewasbescherming. 45, blz. 120

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelProfessioneel

Open Access
Bestand
10 Downloads (Pure)

Volatile-mediated interactions between phylogenetically different soil bacteria

Garbeva, P. V., Hordijk, C. A., Gerards, S. & De Boer, W., 2014, In : Frontiers in Microbiology. 5, blz. 289

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
684 Downloads (Pure)

Volatiles produced by the mycophagous soil bacterium Collimonas

Garbeva, P. V., Hordijk, C. A., Gerards, S. & De Boer, W., 2014, In : FEMS Microbiology Ecology. 87, 3, blz. 639-649

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

17 Downloads (Pure)

Weak phylogenetic signal in physiological traits of methane-oxidizing bacteria.

Krause, S., Van Bodegom, P. M., Cornwell, W. K. & Bodelier, P. L. E., 2014, In : Journal of Evolutionary Biology. 27, 6, blz. 1240-1247

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

Open Access
Bestand
317 Downloads (Pure)