Westerdijk Fungal Biodiversity Institute - Fungal Natural Products

Filter
Artikel

Zoekresultaten

  • 2024

    Genomic Localization Bias of Secondary Metabolite Gene Clusters and Association with Histone Modifications in Aspergillus

    Zhang, X., Leahy, I., Collemare, J. & Seidl, M. F., 01 nov. 2024, In: Genome Biology and Evolution. 16, 11, evae228.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    1 Citaat (Scopus)

  • Interaction of wheat-Parastagonospora nodorum isolates: Exploring host susceptibility and fungal virulence

    Choupannejad, R., Sharifnabi, B., Collemare, J., Massah, A., Gholami, J. & Mehrabi, R., mrt. 2024, In: Physiological and Molecular Plant Pathology. 130, 102235.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • MIBiG 4.0: advancing biosynthetic gene cluster curation through global collaboration

    Zdouc, M. M., Blin, K., Louwen, N. L. L., Navarro, J., Loureiro, C., Bader, C. D., Bailey, C. B., Barra, L., Booth, T. J., Bozhüyük, K. A. J., Cediel-Becerra, J. D. D., Charlop-Powers, Z., Chevrette, M. G., Chooi, Y. H., D'Agostino, P. M., de Rond, T., Del Pup, E., Duncan, K. R., Gu, W., Hanif, N., & 268 anderenHelfrich, E. J. N., Jenner, M., Katsuyama, Y., Korenskaia, A., Krug, D., Libis, V., Lund, G. A., Mantri, S., Morgan, K. D., Owen, C., Phan, C-S., Philmus, B., Reitz, Z. L., Robinson, S. L., Singh, K. S., Teufel, R., Tong, Y., Tugizimana, F., Ulanova, D., Winter, J. M., Aguilar, C., Akiyama, D. Y., Al-Salihi, S. A. A., Alanjary, M., Alberti, F., Aleti, G., Alharthi, S. A., Rojo, M. Y. A., Arishi, A. A., Augustijn, H. E., Avalon, N. E., Avelar-Rivas, J. A., Axt, K. K., Barbieri, H. B., Barbosa, J. C. J., Barboza Segato, L. G., Barrett, S. E., Baunach, M., Beemelmanns, C., Beqaj, D., Berger, T., Bernaldo-Agüero, J., Bettenbühl, S. M., Bielinski, V. A., Biermann, F., Borges, R. M., Borriss, R., Breitenbach, M., Bretscher, K. M., Brigham, M. W., Buedenbender, L., Bulcock, B. W., Cano-Prieto, C., Capela, J., Carrion, V. J., Carter, R. S., Castelo-Branco, R., Castro-Falcón, G., Chagas, F. O., Charria-Girón, E., Chaudhri, A. A., Chaudhry, V., Choi, H., Choi, Y., Choupannejad, R., Chromy, J., Donahey, M. S. C., Collemare, J., Connolly, J. A., Creamer, K. E., Crüsemann, M., Cruz, A. A., Cumsille, A., Dallery, J-F., Damas-Ramos, L. C., Damiani, T., de Kruijff, M., Martín, B. D., Sala, G. D., Dillen, J., Doering, D. T., Dommaraju, S. R., Durusu, S., Egbert, S., Ellerhorst, M., Faussurier, B., Fetter, A., Feuermann, M., Fewer, D. P., Foldi, J., Frediansyah, A., Garza, E. A., Gavriilidou, A., Gentile, A., Gerke, J., Gerstmans, H., Gomez-Escribano, J. P., González-Salazar, L. A., Grayson, N. E., Greco, C., Gomez, J. E. G., Guerra, S., Flores, S. G., Gurevich, A., Gutiérrez-García, K., Hart, L., Haslinger, K., He, B., Hebra, T., Hemmann, J. L., Hindra, H., Höing, L., Holland, D. C., Holme, J. E., Horch, T., Hrab, P., Hu, J., Huynh, T-H., Hwang, J-Y., Iacovelli, R., Iftime, D., Iorio, M., Jayachandran, S., Jeong, E., Jing, J., Jung, J. J., Kakumu, Y., Kalkreuter, E., Kang, K. B., Kang, S., Kim, W., Kim, G. J., Kim, H., Kim, H. U., Klapper, M., Koetsier, R. A., Kollten, C., Kovács, Á. T., Kriukova, Y., Kubach, N., Kunjapur, A. M., Kushnareva, A. K., Kust, A., Lamber, J., Larralde, M., Larsen, N. J., Launay, A. P., Le, N-T-H., Lebeer, S., Lee, B. T., Lee, K., Lev, K. L., Li, S-M., Li, Y-X., Licona-Cassani, C., Lien, A., Liu, J., Lopez, J. A. V., Machushynets, N. V., Macias, M. I., Mahmud, T., Maleckis, M., Martinez-Martinez, A. M., Mast, Y., Maximo, M. F., McBride, C. M., McLellan, R. M., Bhatt, K. M., Melkonian, C., Merrild, A., Metsä-Ketelä, M., Mitchell, D. A., Müller, A. V., Nguyen, G-S., Nguyen, H. T., Niedermeyer, T. H. J., O'Hare, J. H., Ossowicki, A., Ostash, B. O., Otani, H., Padva, L., Paliyal, S., Pan, X., Panghal, M., Parade, D. S., Park, J., Parra, J., Rubio, M. P., Pham, H. T., Pidot, S. J., Piel, J., Pourmohsenin, B., Rakhmanov, M., Ramesh, S., Rasmussen, M. H., Rego, A., Reher, R., Rice, A. J., Rigolet, A., Romero-Otero, A., Rosas-Becerra, L. R., Rosiles, P. Y., Rutz, A., Ryu, B., Sahadeo, L-A., Saldanha, M., Salvi, L., Sánchez-Carvajal, E., Santos-Medellin, C., Sbaraini, N., Schoellhorn, S. M., Schumm, C., Sehnal, L., Selem, N., Shah, A. D., Shishido, T. K., Sieber, S., Silviani, V., Singh, G., Singh, H., Sokolova, N., Sonnenschein, E. C., Sosio, M., Sowa, S. T., Steffen, K., Stegmann, E., Streiff, A. B., Strüder, A., Surup, F., Svenningsen, T., Sweeney, D., Szenei, J., Tagirdzhanov, A., Tan, B., Tarnowski, M. J., Terlouw, B. R., Rey, T., Thome, N. U., Torres Ortega, L. R., Tørring, T., Trindade, M., Truman, A. W., Tvilum, M., Udwary, D. W., Ulbricht, C., Vader, L., van Wezel, G. P., Walmsley, M., Warnasinghe, R., Weddeling, H. G., Weir, A. N. M., Williams, K., Williams, S. E., Witte, T. E., Rocca, S. M. W., Yamada, K., Yang, D., Yang, D., Yu, J., Zhou, Z., Ziemert, N., Zimmer, L., Zimmermann, A., Zimmermann, C., van der Hooft, J. J. J., Linington, R. G., Weber, T. & Medema, M. H., 09 dec. 2024, (E-pub ahead of print) In: Nucleic Acids Research.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    16 Citaten (Scopus)

  • The bZIP transcription factor BIP1 of the rice blast fungus is essential for infection and regulates a specific set of appressorium genes

    Lambou, K., Tag, A., Lassagne, A., Collemare, J., Clergeot, P. H., Barbisan, C., Perret, P., Tharreau, D., Millazo, J., Chartier, E., De Vries, R. P., Hirsch, J., Morel, J. B., Beffa, R., Kroj, T., Thomas, T. & Lebrun, M. H., jan. 2024, In: PLoS Pathogens. 20, 1, e1011945.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    5 Citaten (Scopus)
  • 2023

    Detection and quantification of the histone code in the fungal genus Aspergillus

    Zhang, X., Noberini, R., Vai, A., Bonaldi, T., Seidl, M. F. & Collemare, J., jun. 2023, In: Fungal Genetics and Biology. 167, 103800.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    3 Citaten (Scopus)
  • 2022

    Characterization of NRPS and PKS genes involved in the biosynthesis of SMs in Alternaria dauci including the phytotoxic polyketide aldaulactone

    Courtial, J., Helesbeux, J. J., Oudart, H., Aligon, S., Bahut, M., Hamon, B., N’Guyen, G., Pigné, S., Hussain, A. G., Pascouau, C., Bataillé-Simoneau, N., Collemare, J., Berruyer, R. & Poupard, P., dec. 2022, In: Scientific Reports. 12, 1, 8155.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    9 Citaten (Scopus)

  • Evolutionary relationships of adenylation domains in fungi

    Noriler, S., Navarro-Muñoz, J. C., Glienke, C. & Collemare, J., nov. 2022, In: Genomics. 114, 6, 110525.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    4 Citaten (Scopus)

  • Hybridizations Between formae speciales of Venturia inaequalis Pave the Way for a New Biocontrol Strategy to Manage Fungal Plant Pathogens

    Caffier, V., Shiller, J., Bellanger, M. N., Collemare, J., Expert, P., Gladieux, P., Pascouau, C., Sannier, M. & Le Cam, B., jul. 2022, In: Phytopathology. 112, 7, blz. 1401-1405 5 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    3 Citaten (Scopus)

  • The histone code of the fungal genus Aspergillus uncovered by evolutionary and proteomic analyses

    Zhang, X., Noberini, R., Bonaldi, T., Collemare, J. & Seidl, M. F., 2022, In: Microbial genomics. 8, 9, 000856.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    5 Citaten (Scopus)
  • 2021

    Fusarium: more than a node or a foot-shaped basal cell

    Crous, P. W., Lombard, L., Sandoval-Denis, M., Seifert, K. A., Schroers, H-J., Chaverri, P., Gené, J., Guarro, J., Hirooka, Y., Bensch, K., Kema, G. H. J., Lamprecht, S. C., Cai, L., Rossman, A. Y., Stadler, M., Summerbell, R. C., Taylor, J. W., Ploch, S., Visagie, C. M., Yilmaz, N., & 107 anderenFrisvad, J. C., Abdel-Azeem, A. M., Abdollahzadeh, J., Abdolrasouli, A., Akulov, A., Alberts, J. F., Araújo, J. P. M., Ariyawansa, H. A., Bakhshi, M., Bendiksby, M., Amor, A. B. H., Bezerra, J. D. P., Boekhout, T., Câmara, M. P. S., Carbia, M., Cardinali, G., Castañeda-Ruiz, R. F., Celis, A., Chaturvedi, V., Collemare, J., Croll, D., Damm, U., Decock, C. A., Vries, R. P. D., Ezekiel, C. N., Fan, X. L., Fernández, N. B., Gaya, E., González, C. D., Gramaje, D., Groenewald, J. Z., Grube, M., Guevara-Suarez, M., Gupta, V. K., Guarnaccia, V., Haddaji, A., Hagen, F., Haelewaters, D., Hansen, K., Hashimoto, A., Hernández-Restrepo, M., Houbraken, J., Hubka, V., Hyde, K. D., Iturriaga, T., Jeewon, R., Johnston, P. R., Jurjević, Ž., Karalti, İ., Korsten, L., Kuramae, E. E., Kušan, I., Labuda, R., Lawrence, D. P., Lee, H. B., Lechat, C., Li, H. Y., Litovka, Y. A., Maharachchikumbura, S. S. N., Marin-Felix, Y., Kemkuignou, B. M., Matočec, N., McTaggart, A. R., Mlčoch, P., Mugnai, L., Nakashima, C., Nilsson, R. H., Noumeur, S. R., Pavlov, I. N., Peralta, M. P., Phillips, A. J. L., Pitt, J. I., Polizzi, G., Quaedvlieg, W., Rajeshkumar, K. C., Restrepo, S., Rhaiem, A., Robert, J., Robert, V., Rodrigues, A. M., Salgado-Salazar, C., Samson, R. A., Santos, A. C. S., Shivas, R. G., Souza-Motta, C. M., Sun, G. Y., Swart, W. J., Szoke, S., Tan, Y. P., Taylor, J. E., Taylor, P. W. J., Tiago, P. V., Váczy, K. Z., Wiele, N. V. D., Merwe, N. A. V. D., Verkley, G. J. M., Vieira, W. A. S., Vizzini, A., Weir, B. S., Wijayawardene, N. N., Xia, J. W., Yáñez-Morales, M. J., Yurkov, A., Zamora, J. C., Zare, R., Zhang, C. L. & Thines, M., apr. 2021, In: Studies in Mycology. 98, 184 blz., 100116.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    252 Citaten (Scopus)

  • Secondary metabolite biosynthetic diversity in the fungal family Hypoxylaceae and Xylaria hypoxylon

    Kuhnert, E., Navarro-Muñoz, J. C., Becker, K., Stadler, M., Collemare, J. & Cox, R. J., jun. 2021, In: Studies in Mycology. 99, 100118.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    34 Citaten (Scopus)
  • 2020

    Evolutionary Histories of Type III Polyketide Synthases in Fungi

    Collemare, J. & Navarro-Munoz, J. C., 21 jan. 2020, In: Frontiers in Microbiology.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access

  • Evolutionary Histories of Type III Polyketide Synthases in Fungi

    Navarro-Muñoz, J. C. & Collemare, J., 21 jan. 2020, In: Frontiers in Microbiology. 10, 3018.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    37 Citaten (Scopus)

  • Molecules from nature: Reconciling biodiversity conservation and global healthcare imperatives for sustainable use of medicinal plants and fungi

    Howes, MJ. R., Quave, C. L., Collemare, J., Tatsis, E. C., Twilley, D., Lulekal, E., Farlow, A., Li, L., Cazar, ME., Leaman, D. J., Prescott, T. A. K., Milliken, W., Martin, C., De Canha, M. N., Lall, N., Qin, H., Walker, B. E., Vásquez‐Londoño, C., Allkin, B., Rivers, M., & 8 anderenSimmonds, M. S. J., Bell, E., Battison, A., Felix, J., Forest, F., Leon, C., Williams, C. & Nic Lughadha, E., sep. 2020, In: PLANTS, PEOPLE, PLANET. 2, 5, blz. 463-481 19 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    128 Citaten (Scopus)

  • Selecting for useful properties of plants and fungi – Novel approaches, opportunities, and challenges

    Kersey, P. J., Collemare, J., Cockel, C., Das, D., Dulloo, E. M., Kelly, L. J., Lettice, E., Malécot, V., Maxted, N., Metheringham, C., Thormann, I. & Leitch, I. J., sep. 2020, In: PLANTS, PEOPLE, PLANET. 2, 5, blz. 409-420 12 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    16 Citaten (Scopus)

  • Transcriptome and proteome analyses of proteases in biotroph fungal pathogen Cladosporium fulvum

    Karimi Jashni, M., van der Burgt, A., Battaglia, E., Mehrabi, R., Collemare, J. & de Wit, P. J. G. M., 01 mei 2020, In: Journal of Plant Pathology. 102, 2, blz. 377-386 10 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    18 Citaten (Scopus)

  • Untapped resources for medical research

    Pérez-Escobar, O. A., Richardso, J. E., Howes, M. J. R., Lucas, E., De Róman, N. Á., Collemare, J., Graha, I. A., Gratzfeld, J., Kerse, P. J., Leitc, I. J., Paton, A., Hollingswort, P. M. & Antonelli, A., 14 aug. 2020, In: Science. 369, 6505, blz. 781-782 2 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    8 Citaten (Scopus)
  • 2019

    Chromatin-dependent regulation of secondary metabolite biosynthesis in fungi: is the picture complete?

    Collemare, J. & Seidl, M. F., 20 jun. 2019, In: FEMS Microbiology Reviews.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    57 Citaten (Scopus)

  • Draft Genome Sequence of the Wood-Staining Ascomycete Chlorociboria aeruginascens DSM 107184

    Büttner, E., Liers, C., Gebauer, A. M., Collemare, J., Navarro-Muñoz, J. C., Hofrichter, M. & Kellner, H., 25 apr. 2019, In: Microbiology Resource Announcements. 8, 17

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    3 Citaten (Scopus)

  • MIBiG 2.0: a repository for biosynthetic gene clusters of known function

    Kautsar, S. A., Blin, K., Shaw, S., Navarro-Muñoz, J. C., Terlouw, B. R., van der Hooft, J. J. J., van Santen, J. A., Tracanna, V., Suarez Duran, H. G., Pascal Andreu, V., Selem-Mojica, N., Alanjary, M., Robinson, S. L., Lund, G., Epstein, S. C., Sisto, A. C., Charkoudian, L. K., Collemare, J., Linington, R. G., Weber, T., & 1 anderenMedema, M. H., 15 okt. 2019, In: Nucleic Acids Research.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    465 Citaten (Scopus)

  • Nonproteinaceous effectors: the terra incognita of plant-fungal interactions.

    Collemare, J., O'Connell, R. J. & Lebrun, M-H., 09 mrt. 2019, In: New Phytologist.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    70 Citaten (Scopus)

  • Population genome sequencing of the scab fungal species Venturia inaequalis, Venturia pirina, Venturia aucupariae and Venturia asperata

    Le Cam, B., Sargent, D., Gouzy, J., Amselem, J., Bellanger, M. N., Bouchez, O., Brown, S., Caffier, V., De Gracia, M., Debuchy, R., Duvaux, L., Payen, T., Sannier, M., Shiller, J., Collemare, J. & Lemaire, C., 01 aug. 2019, In: G3: Genes, Genomes, Genetics. 9, 8, blz. 2405-2414 10 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    32 Citaten (Scopus)

  • The High-Quality Complete Genome Sequence of the Opportunistic Fungal Pathogen Candida vulturna CBS 14366T

    Navarro-Muñoz, J. C., de Jong, A. W., Gerrits van den Ende, B., Haas, P-J., Then, E. R., Mohd Tap, R., Collemare, J. & Hagen, F., dec. 2019, In: Mycopathologia. 184, 6, blz. 731-734 4 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    15 Citaten (Scopus)
  • 2018

    Assignment of a dubious gene cluster to melanin biosynthesis in the tomato fungal pathogen Cladosporium fulvum

    Collemare, J., 31 dec. 2018, In: PLoS One.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

    Open Access
    16 Citaten (Scopus)