Westerdijk Fungal Biodiversity Institute

Onderzoeksoutput

Onderzoeksoutput per jaar 1988 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2025

• 2655 Artikel
• 188 Hoofdstuk
• 104 Paper
• 53 PhD thesis (Proefschrift)
• 200 Meer
  • 51 Software
  • 40 Boek/film/artikelrecensie
  • 39 Boek
  • 18 Abstract
  • 14 Bijdrage aan conferentie proceedings
  • 12 Poster
  • 10 Speciale uitgave (redactielidmaatschap)
  • 8 Andere bijdrage
  • 2 Rapport
  • 1 Editorial (disabled)
  • 1 Database
  • 1 Digitale of Visuele Producten
  • 1 Online paper
  • 1 Webartikel
  • 1 Working paper/Discussion paper

Onderzoeksoutput per jaar

Onderzoeksoutput per jaar

Zoekresultaten

• 2023

  Identification of Clinical Trichosporon asteroides Strains by MALDI-TOF Mass Spectrometry: Evaluation of the Bruker Daltonics Commercial System and an In-House Developed Library

  jun. 2023, In: Mycopathologia. 188, 3, blz. 243-249 7 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Trichosporon 100%
  • Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization Mass Spectrometry 79%
  • matrix-assisted laser desorption-ionization mass spectrometry 77%
  • Mass Spectrometry 59%
  • Libraries 58%
  3 Citaten (Scopus)

• IMA genome-F18: The re-identification of Penicillium genomes available in NCBI and draft genomes for Penicillium species from dry cured meat, Penicillium biforme, P. brevicompactum, P. solitum, and P. cvjetkovicii, Pewenomyces kutranfy, Pew. lalenivora, Pew. tapulicola, Pew. kalosus, Teratosphaeria carnegiei, and Trichoderma atroviride SC1

  Visagie, C. M., Magistà, D., Ferrara, M., Balocchi, F., Duong, T. A., Eichmeier, A., Gramaje, D., Aylward, J., Baker, S. E., Barnes, I., Calhoun, S., De Angelis, M., Frisvad, J. C., Hakalova, E., Hayes, R. D., Houbraken, J., Grigoriev, I. V., LaButti, K., Leal, C., Lipzen, A., & 10 anderenNg, V., Pangilinan, J., Pecenka, J., Perrone, G., Piso, A., Savage, E., Spetik, M., Wingfield, M. J., Zhang, Y. & Wingfield, B. D., dec. 2023, In: IMA Fungus. 14, 1, 21.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  2 Citaten (Scopus)

• In vitro activity of isavuconazole against clinically relevant Trichosporon species: a comparative evaluation of EUCAST broth microdilution and MIC Test Strip methods

  02 mrt. 2023, In: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 78, 3, blz. 817-822 6 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • isavuconazole 100%
  • Trichosporon 88%
  • In Vitro Techniques 25%
  • posaconazole 23%
  • Voriconazole 21%
  3 Citaten (Scopus)

• MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters

  Terlouw, B. R., Blin, K., Navarro-Muñoz, J. C., Avalon, N. E., Chevrette, M. G., Egbert, S., Lee, S., Meijer, D., Recchia, M. J. J., Reitz, Z. L., van Santen, J. A., Selem-Mojica, N., Tørring, T., Zaroubi, L., Alanjary, M., Aleti, G., Aguilar, C., Al-Salihi, S. A. A., Augustijn, H. E., Avelar-Rivas, J. A., & 62 anderenAvitia-Domínguez, L. A., Barona-Gómez, F., Bernaldo-Agüero, J., Bielinski, V. A., Biermann, F., Booth, T. J., Carrion Bravo, V. J., Castelo-Branco, R., Chagas, F. O., Cruz-Morales, P., Du, C., Duncan, K. R., Gavriilidou, A., Gayrard, D., Gutiérrez-García, K., Haslinger, K., Helfrich, E. J. N., van der Hooft, J. J. J., Jati, A. P., Kalkreuter, E., Kalyvas, N., Kang, K. B., Kautsar, S., Kim, W., Kunjapur, A. M., Li, Y-X., Lin, G-M., Loureiro, C., Louwen, J. J. R., Louwen, N. L. L., Lund, G., Parra, J., Philmus, B., Pourmohsenin, B., Pronk, L. J. U., Rego, A., Balaya Rex, D. A., Robinson, S., Rosas-Becerra, L. R., Roxborough, E. T., Schorn, M. A., Scobie, D. J., Singh, K. S., Sokolova, N., Tang, X., Udwary, D., Vigneshwari, A., Vind, K., Vromans, S. P. J. M., Waschulin, V., Williams, S. E., Winter, J. M., Witte, T. E., Xie, H., Yang, D., Yu, J., Zdouc, M., Zhong, Z., Collemare, J., Linington, R. G., Weber, T. & Medema, M. H., 2023, In: Nucleic Acids Research. 51, D1, blz. D603-D610

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  Bestand

  • Multigene Family 100%
  • Databases 44%
  • Biological Products 36%
  • Crop Protection 34%
  • Biosynthetic Pathways 22%
  157 Citaten (Scopus)

  62 Downloads (Pure)

• Misidentification of Talaromyces marneffei in wild animal and human nasal samples in Portugal - Red pigment production is not unique

  Le, T., Houbraken, J. & Hagen, F., 01 okt. 2023, In: Research in Veterinary Science. 164, blz. 105035

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

• Molecular epidemiology and antifungal susceptibility of clinical fungi in Qatar, and the emergence of uncommon species

  Mohamed, H. E. S. I., 12 apr. 2023

  Onderzoeksoutput: PhD Thesis (Proefschrift) › PhD thesis (Proefschrift)

• Molecular epidemiology of clinical filamentous fungi in Qatar beyond Aspergillus and Fusarium with notes on the rare species

  Salah, H., Houbraken, J., Boekhout, T., Almaslamani, M. & Taj-Aldeen, S. J., 01 jan. 2023, In: Medical Mycology. 61, 1, myac098.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Qatar 100%
  • Fusarium 89%
  • Molecular Epidemiology 79%
  • Aspergillus 77%
  • Invasive Fungal Infections 70%
  1 Citaat (Scopus)

• Molecular Taxonomy

  Hagen, F., Walther, G., Houbraken, J., James Scott, J. C., Summerbell, R. C. & Boekhout, T., 15 sep. 2023, Diagnosis and Treatment of Fungal Infections. Hospenthal, D. R., Rinaldi, M. G. & Walsh, T. J. (redactie). Cham: Springer, blz. 31-60 30 blz.

  Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in boek/boekdeel › Hoofdstuk › Wetenschappelijk › peer review

• Mycoparasites, Gut Dwellers, and Saprotrophs: Phylogenomic Reconstructions and Comparative Analyses of Kickxellomycotina Fungi

  Reynolds, N. K., Stajich, J. E., Benny, G. L., Barry, K., Mondo, S., LaButti, K., Lipzen, A., Daum, C., Grigoriev, I. V., Ho, H-M., Crous, P. W., Spatafora, J. W. & Smith, M. E., 01 jan. 2023, In: Genome Biology and Evolution. 15, 1, 22 blz., evac185.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • mycoparasite 100%
  • Kickxellomycotina 97%
  • saprotrophs 74%
  • mycoparasites 70%
  • application coverage 62%
  4 Citaten (Scopus)

• Natural folding of airborne fungal spores: a mechanism for dispersal and long-term survival?

  Segers, F. J. J., Dijksterhuis, J., Giesbers, M. & Debets, A. J. M., jun. 2023, In: Fungal Biology Reviews. 44, 100292.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

  Open Access

  • Fungal Spores 100%
  • Spores 83%
  • Air 33%
  • Fungi 18%
  • Droughts 16%
  9 Citaten (Scopus)

• New and Interesting Fungi. 6

  Crous, P. W., Akulov, A., Balashov, S., Boers, J., Braun, U., Castillo, J., Delgado, M. A., Denman, S., Erhard, A., Gusella, G., Jurjevi, ., Kruse, J., Malloch, D. W., Osieck, E. R., Polizzi, G., Schumacher, R. K., Slootweg, E., Starink-Willemse, M., van Iperen, A. L., Verkley, G. J. M., & 1 anderenGroenewald, J. Z., jun. 2023, In: Fungal Systematics and Evolution. 11, 1, blz. 109-156 48 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Hydroponics 100%
  • Parasitic 75%
  • Needle Like Crystal 64%
  • new genus 63%
  • Netherlands 59%
  10 Citaten (Scopus)

• New mycoparasitic species in the genera Niveomyces and Pseudoniveomyces gen. nov. (Hypocreales: Cordycipitaceae), with sporothrix-like asexual morphs, from Thailand

  Kobmoo, N., Tasanathai, K., Araújo, J. P. M., Noisripoom, W., Thanakitpipattana, D., Mongkolsamrit, S., Himaman, W., Houbraken, J. & Luangsa-ard, J. J., 28 aug. 2023, In: Fungal Systematics and Evolution. 12, blz. 91-110 20 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  1 Citaat (Scopus)

• Non-homologous end-joining-deficient filamentous fungal strains mitigate the impact of off-target mutations during the application of CRISPR/Cas9

  Garrigues, S., Peng, M., Kun, R. S. & de Vries, R. P., 31 aug. 2023, In: mBio. 14, 4, blz. e0066823

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats 100%
  • Gene Editing 53%
  • Mutation 48%
  • Genetic Engineering 27%
  • Containment of Biohazards 15%
  5 Citaten (Scopus)

• Novel Antifungals and Aspergillus Section Terrei with Potpourri Susceptibility Profiles to Conventional Antifungals

  Vahedi-Shahandashti, R., Houbraken, J., Birch, M. & Lass-Flörl, C., 06 jun. 2023, In: Journal of Fungi. 9, 6, blz. 1-9 9 blz., 649.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • olorofim 100%
  • Rezafungin 88%
  • Invasive Fungal Infections 78%
  • Aspergillus 69%
  • infection 56%
  2 Citaten (Scopus)

• Opportunistic yeasts on stored apples: A One Health perspective

  Karakoyun, A. S., Ünal, N., Metin, B., Servi, E. Y., Spruijtenburg, B., Özarslan, M. A., Gümral, R., Döğen, A., Ilkit, M., Kandemir, H., Meis, J. F. & Ergin, Ç., 2023, In: One Health Mycology.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Populair

  Open Access

  • One Health initiative 100%
  • Candida parapsilosis 86%
  • Exophiala dermatitidis 77%
  • Exophiala 70%
  • apples 51%

• Paracoccidioides and Paracoccidioidomycosis in the 21st Century

  Rodrigues, A. M., Hagen, F., Puccia, R., Hahn, R. C. & de Camargo, Z. P., apr. 2023, In: Mycopathologia. 188, 1-2, blz. 129-133 5 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

  Open Access

  • Paracoccidioides 100%
  • Paracoccidioidomycosis 88%
  • Onygenales 33%
  • Paracoccidioides brasiliensis 28%
  • diseases and disorders (animals and humans) 27%
  16 Citaten (Scopus)

• Paramicrosphaeropsis eriobotryae sp. nov., a new agent of loquat canker in Iran

  Tavakolian, B., Mostowfizadeh-Ghalamfarsa, R. & Crous, P. W., mei 2023, In: Plant Pathology. 72, 7, blz. 1247-1259 13 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Eriobotrya 100%
  • loquats 75%
  • cankers (plants) 66%
  • Iran 53%
  • new species 34%
  2 Citaten (Scopus)

• Redisposition of acremonium-like fungi in Hypocreales

  Hou, L. W., Giraldo, A., Groenewald, J. Z., Rämä, T., Summerbell, R. C., Huang, G. Z., Cai, L. & Crous, P. W., jun. 2023, In: Studies in Mycology. 105, 1, blz. 23-203 181 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Hypocreales 100%
  • Acremonium 75%
  • Fungi 41%
  • Bionectriaceae 37%
  • fungi 27%
  21 Citaten (Scopus)

• Regional distribution and diversity of Aspergillus and Penicillium species on Croatian traditional meat products

  Zadravec, M., Lešić, T., Brnić, D., Pleadin, J., Kraak, B., Jakopović, Ž., Perković, I., Vahčić, N., Tkalec, V. J. & Houbraken, J., 02 dec. 2023, In: International Journal of Food Microbiology. 406, 110404.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Penicillium 95%
  • Aspergillus 80%
  • meat products 71%
  • cured meats 42%
  • fermented sausages 39%
  1 Citaat (Scopus)

• Reply to "Re: Fungal Nomenclature: Managing Change Is the Name of the Game"

  Kidd, S. E., Abdolrasouli, A. & Hagen, F., aug. 2023, In: Open Forum Infectious Diseases. 10, 8, blz. ofad394

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

• Revising Clonostachys and allied genera in Bionectriaceae

  Zhao, L., Groenewald, J. Z., Hernandez-Restrepo, M., Schroers, H-J. & Crous, P. W., jun. 2023, In: Studies in Mycology. 105, 1, blz. 204-265 62 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Bionectriaceae 100%
  • Clonostachys 92%
  • Hypocreales 39%
  • Verticillium 34%
  • RNA polymerase II largest subunit 30%
  5 Citaten (Scopus)

• Soil substrate source drives the microbes involved in the degradation of gelatin used as a biostimulant

  Costa, O. Y. A., Pijl, A., Houbraken, J., van Lith, W. & Kuramae, E. E., 01 sep. 2023, In: Applied Soil Ecology. 189, 104906.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  Bestand

  • plant biostimulant 100%
  • Soil 96%
  • Gelatin 96%
  • gelatin 89%
  • substrate 61%
  11 Citaten (Scopus)

  102 Downloads (Pure)

• Species-specific effects of the introduction of Aspergillus nidulans gfdB in osmophilic aspergilli

  Bodnár, V., Király, A., Orosz, E., Miskei, M., Emri, T., Karányi, Z., Leiter, É., de Vries, R. P. & Pócsi, I., apr. 2023, In: Applied Microbiology and Biotechnology. 107, 7-8, blz. 2423-2436 14 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Aspergillus nidulans 100%
  • Aspergillus 80%
  • Fungi 63%
  • Glycerol-3-Phosphate Dehydrogenase (NAD+) 20%
  • Phenotype 12%
  2 Citaten (Scopus)

• Strategies for the Development of Industrial Fungal Producing Strains

  Salazar-Cerezo, S., de Vries, R. P. & Garrigues, S., 08 aug. 2023, In: Journal of Fungi. 9, 8

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

  Open Access

  • recombinant DNA technology 100%
  • genetic engineering 78%
  • secondary metabolite 71%
  • proteomics 70%
  • beverage 69%
  14 Citaten (Scopus)

• Targeted sequencing analysis pipeline for species identification of human pathogenic fungi using long-read nanopore sequencing

  Langsiri, N., Worasilchai, N., Irinyi, L., Jenjaroenpun, P., Wongsurawat, T., Luangsa-ard, J. J., Meyer, W. & Chindamporn, A., 06 sep. 2023, In: IMA Fungus. 14, 1

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Nanopore Sequencing 100%
  • animal pathogenic fungi 90%
  • nanopores 89%
  • Forensic Anthropology 76%
  • species identification 56%
  7 Citaten (Scopus)

• Taxogenomic analysis of a novel yeast species isolated from soil, Pichia galeolata sp. nov.

  Opulente, D. A., Langdon, Q. K., Jarzyna, M., Buh, K. V., Haase, M. A. B., Groenewald, M. & Hittinger, C. T., dec. 2023, In: Yeast. 40, 12, blz. 608-615 8 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  1 Citaat (Scopus)

• The Amylolytic Regulator AmyR of Aspergillus niger Is Involved in Sucrose and Inulin Utilization in a Culture-Condition-Dependent Manner.

  Kun, R. S., Salazar-Cerezo, S., Peng, M., Zhang, Y., Savage, E., Lipzen, A., Ng, V., Grigoriev, I. V., de Vries, R. P. & Garrigues, S., 04 apr. 2023, In: Journal of Fungi. 9, 4

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Aspergillus niger 100%
  • Inulin 92%
  • inulin 82%
  • sucrose 82%
  • Sucrose 72%
  3 Citaten (Scopus)

• The C2H2 transcription factor SltA is required for germination and hyphal development in Aspergillus fumigatus

  Baltussen, T. J. H., van Rhijn, N., Coolen, J. P. M., Dijksterhuis, J., Verweij, P. E., Bromley, M. J. & Melchers, W. J. G., aug. 2023, In: mSphere. 8, 4

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Germination 100%
  • Aspergillus fumigatus 85%
  • Fungal Spores 60%
  • Transcription Factors 52%
  • Growth 35%
  5 Citaten (Scopus)

• The secretome of Agaricus bisporus: Temporal dynamics of plant polysaccharides and lignin degradation.

  Duran, K., Magnin, J., America, A. H. P., Peng, M., Hilgers, R., de Vries, R. P., Baars, J. J. P., van Berkel, W. J. H., Kuyper, T. W. & Kabel, M. A., 21 jul. 2023, In: iScience. 26, 7, blz. 107087

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Agaricus 100%
  • Lignin 95%
  • Ether 69%
  • Polysaccharides 58%
  • glyoxal oxidase 47%
  3 Citaten (Scopus)

• The transcriptional activator ClrB is crucial for the degradation of soybean hulls and guar gum in Aspergillus niger

  Kun, R. S., Garrigues, S., Peng, M., Keymanesh, K., Lipzen, A., Ng, V., Tejomurthula, S., Grigoriev, I. V. & de Vries, R. P., mrt. 2023, In: Fungal Genetics and Biology. 165, blz. 103781

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • guar gum 100%
  • Aspergillus niger 88%
  • Soybeans 80%
  • galactomannan 72%
  • xyloglucan 59%
  4 Citaten (Scopus)

• The transcriptomic response of two basidiomycete fungi to plant biomass is modulated by temperature to a different extent

  Peng, M., Bervoets, S., Chin-A-Woeng, T., Granchi, Z., Hildén, K., Mäkelä, M. R. & de Vries, R. P., mei 2023, In: Microbiological Research. 270, blz. 127333

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Basidiomycota 100%
  • Fungi 59%
  • Temperature 47%
  • Carbon 32%
  • Transcriptome 30%
  1 Citaat (Scopus)

• The UNITE database for molecular identification and taxonomic communication of fungi and other eukaryotes: sequences, taxa and classifications reconsidered

  Abarenkov, K., Nilsson, R. H., Larsson, K-H., Taylor, A. F. S., May, T. W., Frøslev, T. G., Pawlowska, J., Lindahl, B., Põldmaa, K., Truong, C., Vu, D., Hosoya, T., Niskanen, T., Piirmann, T., Ivanov, F., Zirk, A., Peterson, M., Cheeke, T. E., Ishigami, Y., Jansson, A. T., & 12 anderenJeppesen, T. S., Kristiansson, E., Mikryukov, V., Miller, J. T., Oono, R., Ossandon, F. J., Paupério, J., Saar, I., Schigel, D., Suija, A., Tedersoo, L. & Kõljalg, U., 11 nov. 2023, In: Nucleic Acids Research.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Chemical Databases 100%
  • Biodiversity 89%
  • Eukaryota 67%
  • Fungi 58%
  • Databases 39%
  76 Citaten (Scopus)

• Two new species of Trichocomaceae (Eurotiales), accommodated in Rasamsonia and Talaromyces section Bacillispori, from the Czech Republic

  Špetík, M., Eichmeier, A., Burgová, J. & Houbraken, J., dec. 2023, In: Scientific Reports. 13, 1, 14903.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Eurotiales 100%
  • Talaromyces 82%
  • Czech Republic 57%
  • Agar 44%
  • dicloran 23%
  1 Citaat (Scopus)

• Unbiased mass spectrometry reveals the histone code in the fungal genus Aspergillus

  Collemare, J. & Zhang, X., mrt. 2023.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan conferentie › Poster › Wetenschappelijk

• Unveiling Fungal Community Structure along Different Levels of Anthropic Disturbance in a South American Subtropical Lagoon

  Pagani, D. M., Ventura, S. P. R., Vu, D., Mendes-Pereira, T., Ribeiro Tomé, L. M., Carvalho, D. S. D., Costa-Rezende, D. H., Kato, R. B., García, G. J. Y., Geml, J., Robert, V., They, N. H., Brenig, B., Azevedo, V., Scroferneker, M. L., Valente, P. & Góes-Neto, A., sep. 2023, In: Journal of Fungi. 9, 9, 890.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Mycobiome 100%
  • Estuaries 99%
  • Fungal Structures 98%
  • Body Water 76%
  • Fresh Water 74%

• Whole-genome sequencing confirms a persistent candidaemia clonal outbreak due to multidrug-resistant Candida parapsilosis

  Daneshnia, F., Hilmioğlu-Polat, S., Ilkit, M., Fuentes, D., Lombardi, L., Binder, U., Scheler, J., Hagen, F., Mansour, M. K., Butler, G., Lass-Flörl, C., Gabaldon, T. & Arastehfar, A., 01 jun. 2023, In: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 78, 6, blz. 1488-1494 7 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Candidemia 100%
  • Candida parapsilosis 96%
  • Whole Genome Sequencing 84%
  • Echinocandins 72%
  • Disease Outbreaks 64%
  8 Citaten (Scopus)
• 2022

  A bioinformatics workflow for investigating fungal biosynthetic gene clusters

  Collemare, J. & Navarro-Munoz, J. C., 2022, Engineering Natural Product Biosynthesis: Methods and Protocols. Springer

  Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in boek/boekdeel › Hoofdstuk › Wetenschappelijk
  3 Citaten (Scopus)

• Acquired fluconazole resistance and genetic clustering in Diutina (Candida) catenulata from clinical samples

  Nourrisson, C., Moniot, M., Lavergne, R-A., Robert, E., Bonnin, V., Hagen, F., Grenouillet, F., Cafarchia, C., Butler, G., Cassaing, S., Sabou, M., Le Pape, P., Poirier, P. & Morio, F., 06 okt. 2022, (E-pub ahead of print) In: Clinical Microbiology and Infection.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • Fluconazole 100%
  • Candida 88%
  • Genetic Variation 83%
  • Cluster Analysis 77%
  • Candida parapsilosis 57%
  6 Citaten (Scopus)

• Active Surveillance Program to Increase Awareness on Invasive Fungal Diseases: the French RESSIF Network (2012 to 2018)

  Bretagne, S., Sitbon, K., Desnos-Ollivier, M., Garcia-Hermoso, D., Letscher-Bru, V., Cassaing, S., Millon, L., Morio, F., Gangneux, J-P., Hasseine, L., Favennec, L., Cateau, E., Bailly, E., Moniot, M., Bonhomme, J., Desbois-Nogard, N., Chouaki, T., Paugam, A., Bouteille, B., Pihet, M., & 8 anderenDalle, F., Eloy, O., Sasso, M., Demar, M., Mariani-Kurkdjian, P., Robert, V., Lortholary, O. & Dromer, F., 28 jun. 2022, In: mBio. 13, 3

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  41 Citaten (Scopus)

• A genomic journey in the secondary metabolite diversity of fungal plant and insect pathogens: from functional to population genomics

  Kuhnert, E. & Collemare, J., okt. 2022, In: Current Opinion in Microbiology. 69, 102178.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

  • Metagenomics 100%
  • bikaverin 88%
  • Insecta 84%
  • Fungi 72%
  • Polyketides 60%
  6 Citaten (Scopus)

• A monograph of Aspergillus section Candidi

  Glässnerová, K., Sklenář, F., Jurjević, Ž., Houbraken, J., Yaguchi, T., Visagie, C. M., Gené, J., Siqueira, J. P. Z., Kubatova, A., Kolarik, M. & Hubka, V., 19 okt. 2022, In: Studies in Mycology. 102, blz. 1-51

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

• A New Filter Based Cultivation Approach for Improving Aspergillus Identification using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS)

  Salah, H., Kolecka, A., Rozaliyani, A., Wahyuningsih, R., Taj-Aldeen, S. J., Boekhout, T. & Houbraken, J., feb. 2022, In: Mycopathologia. 187, 1, blz. 39-52 14 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • matrix-assisted laser desorption-ionization mass spectrometry 100%
  • Aspergillus 97%
  • Mass Spectrometry 77%
  • Lasers 69%
  • polycarbonate 60%
  2 Citaten (Scopus)

• An overview of using fungal DNA for the diagnosis of invasive mycoses

  feb. 2022, In: Expert review of molecular diagnostics. 22, 2, blz. 169-184 16 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

  • Fungal DNA 100%
  • Invasive Fungal Infections 77%
  • Mycoses 60%
  • Polymerase Chain Reaction 26%
  • Mycobiome 24%
  24 Citaten (Scopus)

• A Spotlight on Sporothrix and Sporotrichosis

  Rodrigues, A. M., Hagen, F. & de Camargo, Z. P., aug. 2022, In: Mycopathologia. 187, 4, blz. 407-411 5 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  • sporotrichosis 100%
  • Sporothrix 97%
  • Sporotrichosis 94%
  • Ophiostomatales 50%
  • Sporothrix schenckii 31%
  20 Citaten (Scopus)

• A SYBR Green qPCR assay for specific detection of Colletotrichum ocimi, which causes black spot of basil

  MARTINO, I., CROUS, P. W., GARIBALDI, A., GULLINO, M. L. & GUARNACCIA, V., 15 sep. 2022, In: Phytopathologia Mediterranea. 61, 2, blz. 405-413 9 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  1 Citaat (Scopus)

• Brazilian Atlantic Forest and Pampa Biomes in the spotlight: an overview of Aspergillus, Penicillium, and Talaromyces (Eurotiales) species and the description of Penicillium nordestinense sp. nov.

  Barbosa, R. N., Felinto dos Santos, J. E., Bezerra, J. D. P., Istel, Ł., Houbraken, J., Oliveira, N. T. & Souza-Motta, C. M. D., 07 jun. 2022, In: Acta Botanica Brasilica. 36, e2021abb0390, blz. 1-26 26 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  8 Citaten (Scopus)

• Candidemia among Hospitalized Pediatric Patients Caused by Several Clonal Lineages of Candida parapsilosis

  Hare, R. K., Arastehfar, A., Rosendahl, S., Charsizadeh, A., Daneshnia, F., Eshaghi, H., Mirhendi, H., Boekhout, T., Hagen, F. & Arendrup, M. C., 12 feb. 2022, In: Journal of Fungi. 8, 2

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Candida parapsilosis 100%
  • Candidemia 98%
  • pediatrics 90%
  • polymorphism 75%
  • Disease Outbreaks 50%
  9 Citaten (Scopus)

• Carbohydrate esterase family 16 contains fungal hemicellulose acetyl esterases (HAEs) with varying specificity

  Venegas, F. A., Koutaniemi, S., Langeveld, S. M. J., Bellemare, A., Chong, S-L., Dilokpimol, A., Lowden, M. J., Hilden, K. S., Leyva-Illades, J. F., Makela, M. R., Thi Thanh My Pham, Peng, M., Hancock, M. A., Zheng, Y., Tsang, A., Tenkanen, M., Powlowski, J. & de Vries, R. P., 25 sep. 2022, In: New Biotechnology. 70, blz. 28-38

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  10 Citaten (Scopus)

• Characterization of NRPS and PKS genes involved in the biosynthesis of SMs in Alternaria dauci including the phytotoxic polyketide aldaulactone

  Courtial, J., Helesbeux, J. J., Oudart, H., Aligon, S., Bahut, M., Hamon, B., N’Guyen, G., Pigné, S., Hussain, A. G., Pascouau, C., Bataillé-Simoneau, N., Collemare, J., Berruyer, R. & Poupard, P., dec. 2022, In: Scientific Reports. 12, 1, 8155.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Polyketides 100%
  • Alternaria 96%
  • Lactones 65%
  • Secondary Metabolism 52%
  • Daucus carota 49%
  9 Citaten (Scopus)

• Chromoblastomycosis-Leprosy Co-Infection in Central West Brazil. Presentation of Three Cases and Literature Review

  Guevara, A., Vicente, V. A., de Souza Lima, B. J. F., Nery, A. F., Hagen, F. & Hahn, R. C., aug. 2022, In: Mycopathologia. 187, 4, blz. 363-374 12 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

  Open Access

  • Chromoblastomycosis 100%
  • leprosy 85%
  • Leprosy 72%
  • mixed infection 66%
  • Coinfection 60%
  2 Citaten (Scopus)