Alexander van Oudenaarden

2023

Embryo-uterine interaction coordinates mouse embryogenesis during implantation

Bondarenko, V., Nikolaev, M., Kromm, D., Belousov, R., Wolny, A., Blotenburg, M., Zeller, P., Rezakhani, S., Hugger, J., Uhlmann, V., Hufnagel, L., Kreshuk, A., Ellenberg, J., van Oudenaarden, A., Erzberger, A., Lutolf, M. P. & Hiiragi, T., 04 sep. 2023, In: EMBO Journal. 42, 17, blz. e113280

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

6 Citaten (Scopus)

scChIX-seq infers dynamic relationships between histone modifications in single cells

Yeung, J., Florescu, M., Zeller, P., de Barbanson, B. A., Wellenstein, M. D. & van Oudenaarden, A., jun. 2023, In: Nature Biotechnology. 41, 6, blz. 813-823 11 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

14 Citaten (Scopus)

Self-organizing models of human trunk organogenesis recapitulate spinal cord and spine co-morphogenesis

Gribaudo, S., Robert, R., van Sambeek, B., Mirdass, C., Lyubimova, A., Bouhali, K., Ferent, J., Morin, X., van Oudenaarden, A. & Nedelec, S., 14 sep. 2023, (E-pub ahead of print) In: Nature Biotechnology.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

13 Citaten (Scopus)

Single-cell sortChIC identifies hierarchical chromatin dynamics during hematopoiesis

Zeller, P., Yeung, J., Viñas Gaza, H., de Barbanson, B. A., Bhardwaj, V., Florescu, M., van der Linden, R. & van Oudenaarden, A., feb. 2023, In: Nature Genetics. 55, 2, blz. 333-345 13 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

15 Citaten (Scopus)

SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors

Liu, N. Q., Paassen, I., Custers, L., Zeller, P., Teunissen, H., Ayyildiz, D., He, J., Buhl, J. L., Hoving, E. W., van Oudenaarden, A., de Wit, E. & Drost, J., 01 dec. 2023, In: Nature Communications. 14, 1, blz. 7762

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

2 Citaten (Scopus)

Spatial transcriptomics unveils ZBTB11 as a regulator of cardiomyocyte degeneration in arrhythmogenic cardiomyopathy

Boogerd, C. J., Lacraz, G. P. A., Vértesy, Á., van Kampen, S. J., Perini, I., de Ruiter, H., Versteeg, D., Brodehl, A., van der Kraak, P., Giacca, M., de Jonge, N., Junker, J. P., van Oudenaarden, A., Vink, A. & van Rooij, E., 31 mrt. 2023, In: Cardiovascular Research. 119, 2, blz. 477-491 15 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

20 Citaten (Scopus)

Transcription factor induction of vascular blood stem cell niches in vivo

Hagedorn, E. J., Perlin, J. R., Freeman, R. J., Wattrus, S. J., Han, T., Mao, C., Kim, J. W., Fernández-Maestre, I., Daily, M. L., D'Amato, C., Fairchild, M. J., Riquelme, R., Li, B., Ragoonanan, D. A. V. E., Enkhbayar, K., Henault, E. L., Wang, H. G., Redfield, S. E., Collins, S. H., Lichtig, A., & 13 anderenYang, S., Zhou, Y., Kunar, B., Gomez-Salinero, J. M., Dinh, T. T., Pan, J., Holler, K., Feldman, H. A., Butcher, E. C., van Oudenaarden, A., Rafii, S., Junker, J. P. & Zon, L. I., 19 jun. 2023, In: Developmental Cell. 58, 12, blz. 1037-1051.e4

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

6 Citaten (Scopus)

2022

BMP gradient along the intestinal villus axis controls zonated enterocyte and goblet cell states

Beumer, J., Puschhof, J., Yengej, F. Y., Zhao, L., Martinez-Silgado, A., Blotenburg, M., Begthel, H., Boot, C., van Oudenaarden, A., Chen, Y-G. & Clevers, H., 01 mrt. 2022, In: Cell Reports. 38, 9, blz. 110438

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

47 Citaten (Scopus)

Differential Survival and Therapy Benefit of Patients with Breast Cancer Are Characterized by Distinct Epithelial and Immune Cell Microenvironments

Kester, L., Seinstra, D., van Rossum, A. G. J., Vennin, C., Hoogstraat, M., van der Velden, D., Opdam, M., van Werkhoven, E., Hahn, K., Nederlof, I., Lips, E. H., Mandjes, I. A. M., van Leeuwen-Stok, A. E., Canisius, S., van Tinteren, H., Imholz, A. L. T., Portielje, J. E. A., Bos, M. E. M. M., Bakker, S. D., Rutgers, E. J., & 9 anderenHorlings, H. M., Wesseling, J., Voest, E. E., Wessels, L. F. A., Kok, M., Oosterkamp, H. M., van Oudenaarden, A., Linn, S. C. & van Rheenen, J., 01 mrt. 2022, In: Clinical Cancer Research. 28, 5, blz. 960-971 12 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

4 Citaten (Scopus)

Epiblast inducers capture mouse trophectoderm stem cells in vitro and pattern blastoids for implantation in utero

Seong, J., Frias-Aldeguer, J., Holzmann, V., Kagawa, H., Sestini, G., Heidari Khoei, H., Scholte Op Reimer, Y., Kip, M., Pradhan, S. J., Verwegen, L., Vivié, J., Li, L., Alemany, A., Korving, J., Darmis, F., van Oudenaarden, A., Ten Berge, D., Geijsen, N. & Rivron, N. C., 07 jul. 2022, In: Cell Stem Cell. 29, 7, blz. 1102-1118.e8

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

19 Citaten (Scopus)

High-throughput total RNA sequencing in single cells using VASA-seq

Salmen, F., De Jonghe, J., Kaminski, T. S., Alemany, A., Parada, G. E., Verity-Legg, J., Yanagida, A., Kohler, T. N., Battich, N., van den Brekel, F., Ellermann, A. L., Arias, A. M., Nichols, J., Hemberg, M., Hollfelder, F. & van Oudenaarden, A., 27 jun. 2022, (E-pub ahead of print) In: Nature Biotechnology.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

86 Citaten (Scopus)

Identification of the stress granule transcriptome via RNA-editing in single cells and in vivo

van Leeuwen, W., VanInsberghe, M., Battich, N., Salmén, F., van Oudenaarden, A. & Rabouille, C., 20 jun. 2022, In: Cell reports methods. 2, 6, blz. 100235

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

5 Citaten (Scopus)

2021

3D gastruloids: a novel frontier in stem cell-based in vitro modeling of mammalian gastrulation

van den Brink, S. C. & van Oudenaarden, A., sep. 2021, In: Trends in Cell Biology. 31, 9, blz. 747-759 13 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

Open Access

56 Citaten (Scopus)

H3K9me selectively blocks transcription factor activity and ensures differentiated tissue integrity

Methot, S. P., Padeken, J., Brancati, G., Zeller, P., Delaney, C. E., Gaidatzis, D., Kohler, H., van Oudenaarden, A., Großhans, H. & Gasser, S. M., nov. 2021, In: Nature Cell Biology. 23, 11, blz. 1163-1175 13 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

32 Citaten (Scopus)

Molecular characterization of Barrett's esophagus at single-cell resolution

Busslinger, G. A., de Barbanson, B., Oka, R., Weusten, B. L. A., de Maat, M., van Hillegersberg, R., Brosens, L. A. A., van Boxtel, R., van Oudenaarden, A. & Clevers, H., 23 nov. 2021, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 47

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

11 Citaten (Scopus)

Single-cell Ribo-seq reveals cell cycle-dependent translational pausing

VanInsberghe, M., van den Berg, J., Andersson-Rolf, A., Clevers, H. & van Oudenaarden, A., sep. 2021, In: Nature. 597, 7877, blz. 561-565 5 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

78 Citaten (Scopus)

Single-Cell Transcriptomics Links Loss of Human Pancreatic β-Cell Identity to ER Stress

Groen, N., Leenders, F., Mahfouz, A., Munoz-Garcia, A., Muraro, M. J., de Graaf, N., Rabelink, T. J., Hoeben, R., van Oudenaarden, A., Zaldumbide, A., Reinders, M. J. T., Koning, E. J. P. D. & Carlotti, F., 19 dec. 2021, In: Cells. 10, 12

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

4 Citaten (Scopus)

Strand-specific single-cell methylomics reveals distinct modes of DNA demethylation dynamics during early mammalian development

Sen, M., Mooijman, D., Chialastri, A., Boisset, J-C., Popovic, M., Heindryckx, B., Chuva de Sousa Lopes, S. M., Dey, S. S. & van Oudenaarden, A., 24 feb. 2021, In: Nature Communications. 12, 1, blz. 1286

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

16 Citaten (Scopus)

2020

An in vitro model of early anteroposterior organization during human development

Moris, N., Anlas, K., van den Brink, S. C., Alemany, A., Schröder, J., Ghimire, S., Balayo, T., van Oudenaarden, A. & Martinez Arias, A., jun. 2020, In: Nature. 582, 7812, blz. 410-415 6 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

266 Citaten (Scopus)

LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine

nov. 2020, In: Nature. 587, 7834, blz. 377-386 10 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

Open Access

98 Citaten (Scopus)

Sequencing metabolically labeled transcripts in single cells reveals mRNA turnover strategies

Battich, N., Beumer, J., de Barbanson, B., Krenning, L., Baron, C. S., Tanenbaum, M. E., Clevers, H. & van Oudenaarden, A., 06 mrt. 2020, In: Science. 367, 6482, blz. 1151-1156 6 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

97 Citaten (Scopus)

Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids

van den Brink, S. C., Alemany, A., van Batenburg, V., Moris, N., Blotenburg, M., Vivié, J., Baillie-Johnson, P., Nichols, J., Sonnen, K. F., Martinez Arias, A. & van Oudenaarden, A., jun. 2020, In: Nature. 582, 7812, blz. 405-409 5 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

228 Citaten (Scopus)

Snake Venom Gland Organoids

Post, Y., Puschhof, J., Beumer, J., Kerkkamp, H. M., de Bakker, M. A. G., Slagboom, J., de Barbanson, B., Wevers, N. R., Spijkers, X. M., Olivier, T., Kazandjian, T. D., Ainsworth, S., Iglesias, C. L., van de Wetering, W. J., Heinz, M. C., van Ineveld, R. L., van Kleef, R. G. D. M., Begthel, H., Korving, J., Bar-Ephraim, Y. E., & 11 anderenGetreuer, W., Rios, A. C., Westerink, R. H. S., Snippert, H. J. G., van Oudenaarden, A., Peters, P. J., Vonk, F. J., Kool, J., Richardson, M. K., Casewell, N. R. & Clevers, H., 23 jan. 2020, In: Cell. 180, 2, blz. 233-247.e21

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

75 Citaten (Scopus)

2019

An organoid platform for ovarian cancer captures intra- and interpatient heterogeneity

Kopper, O., de Witte, C. J., Lõhmussaar, K., Valle-Inclan, J. E., Hami, N., Kester, L., Balgobind, A. V., Korving, J., Proost, N., Begthel, H., van Wijk, L. M., Revilla, S. A., Theeuwsen, R., van de Ven, M., van Roosmalen, M. J., Ponsioen, B., Ho, V. W. H., Neel, B. G., Bosse, T., Gaarenstroom, K. N., & 11 anderenVrieling, H., Vreeswijk, M. P. G., van Diest, P. J., Witteveen, P. O., Jonges, T., Bos, J. L., van Oudenaarden, A., Zweemer, R. P., Snippert, H. J. G., Kloosterman, W. P. & Clevers, H., mei 2019, In: Nature Medicine. 25, 5, blz. 838-849 12 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

513 Citaten (Scopus)

A transcriptomic roadmap to α- and β-cell differentiation in the embryonic pancreas

van Gurp, L., Muraro, M. J., Dielen, T., Seneby, L., Dharmadhikari, G., Gradwohl, G., van Oudenaarden, A. & de Koning, E. J. P., 24 jun. 2019, In: Development (Cambridge). 146, 12

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

21 Citaten (Scopus)

Cell Type Purification by Single-Cell Transcriptome-Trained Sorting

Baron, C. S., Barve, A., Muraro, M. J., van der Linden, R., Dharmadhikari, G., Lyubimova, A., de Koning, E. J. P. & van Oudenaarden, A., 03 okt. 2019, In: Cell. 179, 2, blz. 527-542.e19

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

41 Citaten (Scopus)

Combined quantification of intracellular (phospho-)proteins and transcriptomics from fixed single cells

Gerlach, J. P., van Buggenum, J. A. G., Tanis, S. E. J., Hogeweg, M., Heuts, B. M. H., Muraro, M. J., Elze, L., Rivello, F., Rakszewska, A., van Oudenaarden, A., Huck, W. T. S., Stunnenberg, H. G. & Mulder, K. W., 06 feb. 2019, In: Scientific Reports. 9, 1, blz. 1469

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

59 Citaten (Scopus)

Correction: Neuromesodermal progenitors are a conserved source of spinal cord with divergent growth dynamics (doi: 10.1242/dev.166728)

Attardi, A., Fulton, T., Florescu, M., Shah, G., Muresan, L., Lenz, M. O., Lancaster, C., Huisken, J., van Oudenaarden, A. & Steventon, B., 22 jan. 2019, In: Development (Cambridge). 146, 2

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

5 Citaten (Scopus)

Enteroendocrine and tuft cells support Lgr5 stem cells on Paneth cell depletion

van Es, J. H., Wiebrands, K., López-Iglesias, C., van de Wetering, M., Zeinstra, L., van den Born, M., Korving, J., Sasaki, N., Peters, P. J., van Oudenaarden, A. & Clevers, H., 16 dec. 2019, (E-pub ahead of print) In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

65 Citaten (Scopus)

Long-term expanding human airway organoids for disease modeling

Sachs, N., Papaspyropoulos, A., Zomer-van Ommen, D. D., Heo, I., Böttinger, L., Klay, D., Weeber, F., Huelsz-Prince, G., Iakobachvili, N., Amatngalim, G. D., de Ligt, J., van Hoeck, A., Proost, N., Viveen, M. C., Lyubimova, A., Teeven, L., Derakhshan, S., Korving, J., Begthel, H., Dekkers, J. F., & 28 anderenKumawat, K., Ramos, E., van Oosterhout, M. F., Offerhaus, G. J., Wiener, D. J., Olimpio, E. P., Dijkstra, K. K., Smit, E. F., van der Linden, M., Jaksani, S., van de Ven, M., Jonkers, J., Rios, A. C., Voest, E. E., van Moorsel, C. H., van der Ent, C. K., Cuppen, E., van Oudenaarden, A., Coenjaerts, F. E., Meyaard, L., Bont, L. J., Peters, P. J., Tans, S. J., van Zon, J. S., Boj, S. F., Vries, R. G., Beekman, J. M. & Clevers, H., 15 feb. 2019, In: EMBO Journal. 38, 4

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

585 Citaten (Scopus)

Ongoing chromosomal instability and karyotype evolution in human colorectal cancer organoids

Bolhaqueiro, A. C. F., Ponsioen, B., Bakker, B., Klaasen, S. J., Kucukkose, E., van Jaarsveld, R. H., Vivié, J., Verlaan-Klink, I., Hami, N., Spierings, D. C. J., Sasaki, N., Dutta, D., Boj, S. F., Vries, R. G. J., Lansdorp, P. M., van de Wetering, M., van Oudenaarden, A., Clevers, H., Kranenburg, O., Foijer, F., & 2 anderenSnippert, H. J. G. & Kops, G. J. P. L., mei 2019, In: Nature Genetics. 51, 5, blz. 824-834 11 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

146 Citaten (Scopus)

Oral mucosal organoids as a potential platform for personalized cancer therapy

Driehuis, E., Kolders, S., Spelier, S., Lohmussaar, K., Willems, S. M., Devriese, L. A., de Bree, R., de Ruiter, E. J., Korving, J., Begthel, H., Van Es, J. H., Geurts, V., He, G-W., van Jaarsveld, R. H., Oka, R., Muraro, M. J., Vivie, J., Zandvliet, M. M. J. M., Hendrickx, A. P. A., Iakobachvili, N., & 8 anderenSridevi, P., Kranenburg, O., van Boxtel, R., Kops, G. J. P. L., Tuveson, D. A., Peters, P. J., van Oudenaarden, A. & Clevers, H., jul. 2019, In: Cancer Discovery.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

247 Citaten (Scopus)

Single-Cell Analysis of the Liver Epithelium Reveals Dynamic Heterogeneity and an Essential Role for YAP in Homeostasis and Regeneration

Pepe-Mooney, B. J., Dill, M. T., Alemany, A., Ordovas-Montanes, J., Matsushita, Y., Rao, A., Sen, A., Miyazaki, M., Anakk, S., Dawson, P. A., Ono, N., Shalek, A. K., van Oudenaarden, A. & Camargo, F. D., 03 jul. 2019, In: Cell Stem Cell. 25, 1, blz. 23-38.e8

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

163 Citaten (Scopus)

Single-cell analysis uncovers that metabolic reprogramming by ErbB2 signaling is essential for cardiomyocyte proliferation in the regenerating heart

Honkoop, H., de Bakker, D. E., Aharonov, A., Kruse, F., Shakked, A., Nguyen, P. D., de Heus, C., Garric, L., Muraro, M. J., Shoffner, A., Tessadori, F., Peterson, J. C., Noort, W., Bertozzi, A., Weidinger, G., Posthuma, G., Grun, D., van der Laarse, W. J., Klumperman, J., Jaspers, R. T., & 4 anderenPoss, K. D., van Oudenaarden, A., Tzahor, E. & Bakkers, J., 23 dec. 2019, (E-pub ahead of print) In: eLife. 8

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

167 Citaten (Scopus)

Spindle checkpoint silencing at kinetochores with submaximal microtubule occupancy

Etemad, B., Vertesy, A., Kuijt, T. E. F., Sacristan, C., van Oudenaarden, A. & Kops, G. J. P. L., 17 jun. 2019, In: Journal of Cell Science. 132, 12

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

19 Citaten (Scopus)

Unravelling cellular relationships during development and regeneration using genetic lineage tracing

Baron, C. S. & van Oudenaarden, A., dec. 2019, In: Nature reviews. Molecular cell biology. 20, 12, blz. 753-765 13 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

107 Citaten (Scopus)

2018

A Caenorhabditis elegans protein with a PRDM9-like SET domain localizes to chromatin-associated foci and promotes spermatocyte gene expression, sperm production and fertility

Engert, C. G., Droste, R., van Oudenaarden, A. & Horvitz, H. R., apr. 2018, In: PLoS Genetics. 14, 4, blz. e1007295

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

13 Citaten (Scopus)

Blastocyst-like structures generated solely from stem cells

Rivron, N. C., Frias-Aldeguer, J., Vrij, E. J., Boisset, J-C., Korving, J., Vivié, J., Truckenmüller, R. K., van Oudenaarden, A., van Blitterswijk, C. A. & Geijsen, N., mei 2018, In: Nature. 557, 7703, blz. 106-111 6 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

340 Citaten (Scopus)

Expansion of Adult Human Pancreatic Tissue Yields Organoids Harboring Progenitor Cells with Endocrine Differentiation Potential

Loomans, C. J. M., Williams Giuliani, N., Balak, J., Ringnalda, F. C., van Gurp, L., Huch, M., Boj, S. F., Sato, T., Kester, L., de Sousa Lopes, S. M. C., Roost, M. S., Bonner-Weir, S., Engelse, M. A., Rabelink, T. J., Heimberg, H., Vries, R. G. J., van Oudenaarden, A., Carlotti, F., Clevers, H. & de Koning, E. J. P., 13 mrt. 2018, In: Stem Cell Reports. 10, 3, blz. 712-724 13 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

111 Citaten (Scopus)

Mapping the physical network of cellular interactions

Boisset, J-C., Vivié, J., Grün, D., Muraro, M. J., Lyubimova, A. & van Oudenaarden, A., jul. 2018, In: Nature Methods. 15, 7, blz. 547-553 7 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

104 Citaten (Scopus)

Neuromesodermal progenitors are a conserved source of spinal cord with divergent growth dynamics

Attardi, A., Fulton, T., Florescu, M., Shah, G., Muresan, L., Lenz, M. O., Lancaster, C., Huisken, J., van Oudenaarden, A. & Steventon, B., 09 nov. 2018, In: Development (Cambridge). 145, 21

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

47 Citaten (Scopus)

Parental haplotype-specific single-cell transcriptomics reveal incomplete epigenetic reprogramming in human female germ cells

Vértesy, Á., Arindrarto, W., Roost, M. S., Reinius, B., Torrens-Juaneda, V., Bialecka, M., Moustakas, I., Ariyurek, Y., Kuijk, E., Mei, H., Sandberg, R., van Oudenaarden, A. & Chuva de Sousa Lopes, S. M., 14 mei 2018, In: Nature Communications. 9, 1, blz. 1873

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

44 Citaten (Scopus)

Single-cell analysis reveals that stochasticity and paracrine signaling control interferon-alpha production by plasmacytoid dendritic cells

Wimmers, F., Subedi, N., van Buuringen, N., Heister, D., Vivié, J., Beeren-Reinieren, I., Woestenenk, R., Dolstra, H., Piruska, A., Jacobs, J. F. M., van Oudenaarden, A., Figdor, C. G., Huck, W. T. S., de Vries, I. J. M. & Tel, J., 20 aug. 2018, In: Nature Communications. 9, 1, blz. 3317

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

102 Citaten (Scopus)

Single-Cell Sequencing of the Healthy and Diseased Heart Reveals Cytoskeleton-Associated Protein 4 as a New Modulator of Fibroblasts Activation

Gladka, M. M., Molenaar, B., de Ruiter, H., van der Elst, S., Tsui, H., Versteeg, D., Lacraz, G. P. A., Huibers, M. M. H., van Oudenaarden, A. & van Rooij, E., 10 jul. 2018, In: Circulation. 138, 2, blz. 166-180 15 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

224 Citaten (Scopus)

Single-Cell Transcriptomics Meets Lineage Tracing

Kester, L. & van Oudenaarden, A., 02 aug. 2018, In: Cell Stem Cell. 23, 2, blz. 166-179 14 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

261 Citaten (Scopus)

Single-cell transcriptomics reveal the dynamic of haematopoietic stem cell production in the aorta

Baron, C. S., Kester, L., Klaus, A., Boisset, J-C., Thambyrajah, R., Yvernogeau, L., Kouskoff, V., Lacaud, G., van Oudenaarden, A. & Robin, C., 28 jun. 2018, In: Nature Communications. 9, 1, blz. 2517

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

95 Citaten (Scopus)

Spatial Transcriptomics of C. elegans Males and Hermaphrodites Identifies Sex-Specific Differences in Gene Expression Patterns

Ebbing, A., Vértesy, Á., Betist, M. C., Spanjaard, B., Junker, J. P., Berezikov, E., van Oudenaarden, A. & Korswagen, H. C., 17 dec. 2018, In: Developmental Cell. 47, 6, blz. 801-813.e6

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

37 Citaten (Scopus)

Tdrd6a Regulates the Aggregation of Buc into Functional Subcellular Compartments that Drive Germ Cell Specification

Roovers, E. F., Kaaij, L. J. T., Redl, S., Bronkhorst, A. W., Wiebrands, K., de Jesus Domingues, A. M., Huang, H-Y., Han, C-T., Riemer, S., Dosch, R., Salvenmoser, W., Grün, D., Butter, F., van Oudenaarden, A. & Ketting, R. F., 06 aug. 2018, In: Developmental Cell. 46, 3, blz. 285-301.e9

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

59 Citaten (Scopus)

The Majority of CD45 Ter119 CD31 Bone Marrow Cell Fraction Is of Hematopoietic Origin and Contains Erythroid and Lymphoid Progenitors

Boulais, P. E., Mizoguchi, T., Zimmerman, S., Nakahara, F., Vivié, J., Mar, J. C., van Oudenaarden, A. & Frenette, P. S., 16 okt. 2018, In: Immunity. 49, 4, blz. 627-639.e6

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

31 Citaten (Scopus)

Troy+ brain stem cells cycle through quiescence and regulate their number by sensing niche occupancy

Basak, O., Krieger, T. G., Muraro, M. J., Wiebrands, K., Stange, D. E., Frias-Aldeguer, J., Rivron, N. C., van de Wetering, M., van Es, J. H., van Oudenaarden, A., Simons, B. D. & Clevers, H., 23 jan. 2018, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 4, blz. E610-E619

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

Open Access

112 Citaten (Scopus)

Alexander van Oudenaarden

Onderzoeksoutput

Zoekresultaten