Jérôme Collemare

Onderzoeksoutput

Onderzoeksoutput per jaar 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2023

• 22 Artikel
• 8 Poster
• 2 Hoofdstuk
• 2 Boek/film/artikelrecensie
• 3 Meer
  • 2 Andere bijdrage
  • 1 Online paper

Onderzoeksoutput per jaar

Onderzoeksoutput per jaar

Zoekresultaten

• 2023

  Detection and quantification of the histone code in the fungal genus Aspergillus

  Zhang, X., Noberini, R., Vai, A., Bonaldi, T., Seidl, M. F. & Collemare, J., jun. 2023, In: Fungal Genetics and Biology. 167, 103800.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Histone Code 100%
  • Aspergillus 99%
  • Post Translational Protein Processing 90%
  • Histones 82%
  • Acetylation 26%
  3 Citaten (Scopus)

• Evolutionary histories of type I fatty acid synthases in fungi

  Collemare, J. & Guo, Y., mrt. 2023.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan conferentie › Poster › Wetenschappelijk

• Functional analysis of two transcription factor-encoding genes within secondary metabolite biosynthetic clusters in Parastagonospora nodorum

  Collemare, J. & Choupannejad, R., mrt. 2023.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan conferentie › Poster › Wetenschappelijk

• MIBiG 3.0: a community-driven effort to annotate experimentally validated biosynthetic gene clusters

  Terlouw, B. R., Blin, K., Navarro-Muñoz, J. C., Avalon, N. E., Chevrette, M. G., Egbert, S., Lee, S., Meijer, D., Recchia, M. J. J., Reitz, Z. L., van Santen, J. A., Selem-Mojica, N., Tørring, T., Zaroubi, L., Alanjary, M., Aleti, G., Aguilar, C., Al-Salihi, S. A. A., Augustijn, H. E., Avelar-Rivas, J. A., & 62 anderenAvitia-Domínguez, L. A., Barona-Gómez, F., Bernaldo-Agüero, J., Bielinski, V. A., Biermann, F., Booth, T. J., Carrion Bravo, V. J., Castelo-Branco, R., Chagas, F. O., Cruz-Morales, P., Du, C., Duncan, K. R., Gavriilidou, A., Gayrard, D., Gutiérrez-García, K., Haslinger, K., Helfrich, E. J. N., van der Hooft, J. J. J., Jati, A. P., Kalkreuter, E., Kalyvas, N., Kang, K. B., Kautsar, S., Kim, W., Kunjapur, A. M., Li, Y-X., Lin, G-M., Loureiro, C., Louwen, J. J. R., Louwen, N. L. L., Lund, G., Parra, J., Philmus, B., Pourmohsenin, B., Pronk, L. J. U., Rego, A., Balaya Rex, D. A., Robinson, S., Rosas-Becerra, L. R., Roxborough, E. T., Schorn, M. A., Scobie, D. J., Singh, K. S., Sokolova, N., Tang, X., Udwary, D., Vigneshwari, A., Vind, K., Vromans, S. P. J. M., Waschulin, V., Williams, S. E., Winter, J. M., Witte, T. E., Xie, H., Yang, D., Yu, J., Zdouc, M., Zhong, Z., Collemare, J., Linington, R. G., Weber, T. & Medema, M. H., 2023, In: Nucleic Acids Research. 51, D1, blz. D603-D610

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  Bestand

  • Multigene Family 100%
  • Databases 44%
  • Biological Products 36%
  • Crop Protection 34%
  • Biosynthetic Pathways 22%
  159 Citaten (Scopus)

  62 Downloads (Pure)

• Unbiased mass spectrometry reveals the histone code in the fungal genus Aspergillus

  Collemare, J. & Zhang, X., mrt. 2023.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan conferentie › Poster › Wetenschappelijk
• 2022

  A bioinformatics workflow for investigating fungal biosynthetic gene clusters

  Collemare, J. & Navarro-Munoz, J. C., 2022, Engineering Natural Product Biosynthesis: Methods and Protocols. Springer

  Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in boek/boekdeel › Hoofdstuk › Wetenschappelijk
  3 Citaten (Scopus)

• A genomic journey in the secondary metabolite diversity of fungal plant and insect pathogens: from functional to population genomics

  Kuhnert, E. & Collemare, J., okt. 2022, In: Current Opinion in Microbiology. 69, 102178.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

  • Metagenomics 100%
  • bikaverin 88%
  • Insecta 84%
  • Fungi 72%
  • Polyketides 60%
  6 Citaten (Scopus)

• Characterization of NRPS and PKS genes involved in the biosynthesis of SMs in Alternaria dauci including the phytotoxic polyketide aldaulactone

  Courtial, J., Helesbeux, J. J., Oudart, H., Aligon, S., Bahut, M., Hamon, B., N’Guyen, G., Pigné, S., Hussain, A. G., Pascouau, C., Bataillé-Simoneau, N., Collemare, J., Berruyer, R. & Poupard, P., dec. 2022, In: Scientific Reports. 12, 1, 8155.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Polyketides 100%
  • Alternaria 96%
  • Lactones 65%
  • Secondary Metabolism 52%
  • Daucus carota 49%
  9 Citaten (Scopus)

• Developing fungal heterologous expression platforms to explore and improve the production of natural products from fungal biodiversity

  Meng, X., Fang, Y., Ding, M., Zhang, Y., Jia, K., Li, Z., Collemare, J. & Liu, W., 01 jan. 2022, In: BIOTECHNOLOGY ADVANCES. 54, 107866.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Boek/film/artikelrecensie › Wetenschappelijk

  Open Access

  • Biodiversity 100%
  • Fungi 95%
  • Multigene Family 75%
  • Biological Products 68%
  • Genes 66%
  45 Citaten (Scopus)

• Evolutionary relationships of adenylation domains in fungi

  Noriler, S., Navarro-Muñoz, J. C., Glienke, C. & Collemare, J., nov. 2022, In: Genomics. 114, 6, 110525.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • non-ribosomal peptide synthase 100%
  • Fungi 56%
  • Oxidoreductases 32%
  • Enzymes 29%
  • Coenzyme A 22%
  3 Citaten (Scopus)

• Evolution-Informed Discovery of the Naphthalenone Biosynthetic Pathway in Fungi

  Mosunova, O. V., Navarro-Muñoz, J. C., Haksar, D., van Neer, J., Hoeksma, J., den Hertog, J. & Collemare, J., 28 jun. 2022, In: mBio. 13, 3, blz. e0022322

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Fungal Genome 100%
  • Biosynthetic Pathways 72%
  • Fungi 53%
  • Polyketides 35%
  • Synthetic Biology 16%
  7 Citaten (Scopus)

• Hybridizations Between formae speciales of Venturia inaequalis Pave the Way for a New Biocontrol Strategy to Manage Fungal Plant Pathogens

  Caffier, V., Shiller, J., Bellanger, M. N., Collemare, J., Expert, P., Gladieux, P., Pascouau, C., Sannier, M. & Le Cam, B., jul. 2022, In: Phytopathology. 112, 7, blz. 1401-1405 5 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Pyracantha 100%
  • Venturia inaequalis 77%
  • Malus 73%
  • plant pathogens 51%
  • biological control 46%
  2 Citaten (Scopus)

• The histone code of the fungal genus Aspergillus uncovered by evolutionary and proteomic analyses

  Zhang, X., Noberini, R., Bonaldi, T., Collemare, J. & Seidl, M. F., 2022, In: Microbial genomics. 8, 9, 000856.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Histone Code 100%
  • Aspergillus 99%
  • Proteomics 80%
  • Chromatin 77%
  • Fungi 39%
  3 Citaten (Scopus)
• 2021

  Diaporthe vochysiae from Pantanal as a source of fungal secondary metabolites

  Collemare, J., nov. 2021.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan conferentie › Poster › Wetenschappelijk

• Fusarium: more than a node or a foot-shaped basal cell

  Crous, P. W., Lombard, L., Sandoval-Denis, M., Seifert, K. A., Schroers, H-J., Chaverri, P., Gené, J., Guarro, J., Hirooka, Y., Bensch, K., Kema, G. H. J., Lamprecht, S. C., Cai, L., Rossman, A. Y., Stadler, M., Summerbell, R. C., Taylor, J. W., Ploch, S., Visagie, C. M., Yilmaz, N., & 107 anderenFrisvad, J. C., Abdel-Azeem, A. M., Abdollahzadeh, J., Abdolrasouli, A., Akulov, A., Alberts, J. F., Araújo, J. P. M., Ariyawansa, H. A., Bakhshi, M., Bendiksby, M., Amor, A. B. H., Bezerra, J. D. P., Boekhout, T., Câmara, M. P. S., Carbia, M., Cardinali, G., Castañeda-Ruiz, R. F., Celis, A., Chaturvedi, V., Collemare, J., Croll, D., Damm, U., Decock, C. A., Vries, R. P. D., Ezekiel, C. N., Fan, X. L., Fernández, N. B., Gaya, E., González, C. D., Gramaje, D., Groenewald, J. Z., Grube, M., Guevara-Suarez, M., Gupta, V. K., Guarnaccia, V., Haddaji, A., Hagen, F., Haelewaters, D., Hansen, K., Hashimoto, A., Hernández-Restrepo, M., Houbraken, J., Hubka, V., Hyde, K. D., Iturriaga, T., Jeewon, R., Johnston, P. R., Jurjević, Ž., Karalti, İ., Korsten, L., Kuramae, E. E., Kušan, I., Labuda, R., Lawrence, D. P., Lee, H. B., Lechat, C., Li, H. Y., Litovka, Y. A., Maharachchikumbura, S. S. N., Marin-Felix, Y., Kemkuignou, B. M., Matočec, N., McTaggart, A. R., Mlčoch, P., Mugnai, L., Nakashima, C., Nilsson, R. H., Noumeur, S. R., Pavlov, I. N., Peralta, M. P., Phillips, A. J. L., Pitt, J. I., Polizzi, G., Quaedvlieg, W., Rajeshkumar, K. C., Restrepo, S., Rhaiem, A., Robert, J., Robert, V., Rodrigues, A. M., Salgado-Salazar, C., Samson, R. A., Santos, A. C. S., Shivas, R. G., Souza-Motta, C. M., Sun, G. Y., Swart, W. J., Szoke, S., Tan, Y. P., Taylor, J. E., Taylor, P. W. J., Tiago, P. V., Váczy, K. Z., Wiele, N. V. D., Merwe, N. A. V. D., Verkley, G. J. M., Vieira, W. A. S., Vizzini, A., Weir, B. S., Wijayawardene, N. N., Xia, J. W., Yáñez-Morales, M. J., Yurkov, A., Zamora, J. C., Zare, R., Zhang, C. L. & Thines, M., apr. 2021, In: Studies in Mycology. 98, 184 blz., 100116.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Fusarium 100%
  • Foot 64%
  • Nectriaceae 51%
  • Gibberella 33%
  • cells 24%
  208 Citaten (Scopus)

• Histone extraction for mass spectrometry-based analysis of post-translational modifications in the fungal genus Aspergillus

  Collemare, J., 2021, protocols.io.

  Onderzoeksoutput: Working paper/discussiepaper › Online paper › Wetenschappelijk

  Open Access

• Secondary metabolite biosynthetic diversity in the fungal family Hypoxylaceae and Xylaria hypoxylon

  Kuhnert, E., Navarro-Muñoz, J. C., Becker, K., Stadler, M., Collemare, J. & Cox, R. J., jun. 2021, In: Studies in Mycology. 99, 100118.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Hypoxylaceae 100%
  • Hypoxylon 74%
  • Xylaria 72%
  • Biosynthetic Pathways 46%
  • Fungi 43%
  31 Citaten (Scopus)

• The biosynthesis of fungal secondary metabolites: From fundamentals to biotechnological applications

  Mosunova, O., Navarro-Muñoz, J. C. & Collemare, J., 01 jun. 2021, Encyclopedia of Mycology. Elsevier, blz. 458-476 19 blz.

  Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in boek/boekdeel › Hoofdstuk › Wetenschappelijk › peer review
  28 Citaten (Scopus)
• 2020

  Evolutionary histories of type III polyketide synthases in fungi

  Collemare, J., feb. 2020.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan conferentie › Poster › Wetenschappelijk

• Evolutionary Histories of Type III Polyketide Synthases in Fungi

  Navarro-Muñoz, J. C. & Collemare, J., 21 jan. 2020, In: Frontiers in Microbiology. 10, 3018.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • flavanone synthetase 100%
  • Fungi 48%
  • Biosynthetic Pathways 29%
  • Multigene Family 19%
  • Gene Duplication 15%
  36 Citaten (Scopus)

• Evolutionary Histories of Type III Polyketide Synthases in Fungi

  Collemare, J. & Navarro-Munoz, J. C., 21 jan. 2020, In: Frontiers in Microbiology.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

• Exploring fungal genomes for novel natural products

  Collemare, J., feb. 2020.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan conferentie › Poster › Wetenschappelijk

• Molecules from nature: Reconciling biodiversity conservation and global healthcare imperatives for sustainable use of medicinal plants and fungi

  Howes, MJ. R., Quave, C. L., Collemare, J., Tatsis, E. C., Twilley, D., Lulekal, E., Farlow, A., Li, L., Cazar, ME., Leaman, D. J., Prescott, T. A. K., Milliken, W., Martin, C., De Canha, M. N., Lall, N., Qin, H., Walker, B. E., Vásquez‐Londoño, C., Allkin, B., Rivers, M., & 8 anderenSimmonds, M. S. J., Bell, E., Battison, A., Felix, J., Forest, F., Leon, C., Williams, C. & Nic Lughadha, E., sep. 2020, In: PLANTS, PEOPLE, PLANET. 2, 5, blz. 463-481 19 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • plant and fungus 100%
  • medicinal fungi 91%
  • medicinal plant 89%
  • biodiversity conservation 80%
  • sustainable use 75%
  109 Citaten (Scopus)

• MycoNews 2020: President’s message, news, reports, awards, personalia, book news, and correspondence

  Collemare, J., 31 dec. 2020

  Onderzoeksoutput: Andere bijdrage › Professioneel

• Selecting for useful properties of plants and fungi – Novel approaches, opportunities, and challenges

  Kersey, P. J., Collemare, J., Cockel, C., Das, D., Dulloo, E. M., Kelly, L. J., Lettice, E., Malécot, V., Maxted, N., Metheringham, C., Thormann, I. & Leitch, I. J., sep. 2020, In: PLANTS, PEOPLE, PLANET. 2, 5, blz. 409-420 12 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • plant and fungus 100%
  • genetic diversity 56%
  • genetic variation 42%
  • fungi 40%
  • new variety 38%
  15 Citaten (Scopus)

• State of the World’s Plants and Fungi 2020

  Collemare, J., 2020

  Onderzoeksoutput: Andere bijdrage › Wetenschappelijk

  Open Access

• Transcriptome and proteome analyses of proteases in biotroph fungal pathogen Cladosporium fulvum

  Karimi Jashni, M., van der Burgt, A., Battaglia, E., Mehrabi, R., Collemare, J. & de Wit, P. J. G. M., 01 mei 2020, In: Journal of Plant Pathology. 102, 2, blz. 377-386 10 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Passalora fulva 100%
  • proteome 64%
  • transcriptome 59%
  • proteinases 50%
  • pathogens 39%
  15 Citaten (Scopus)

• Untapped resources for medical research

  Pérez-Escobar, O. A., Richardso, J. E., Howes, M. J. R., Lucas, E., De Róman, N. Á., Collemare, J., Graha, I. A., Gratzfeld, J., Kerse, P. J., Leitc, I. J., Paton, A., Hollingswort, P. M. & Antonelli, A., 14 aug. 2020, In: Science. 369, 6505, blz. 781-782 2 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  8 Citaten (Scopus)
• 2019

  Biosynthetic pathways elucidation of the fungal pigment xylindein

  Collemare, J., mrt. 2019.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan conferentie › Poster › Wetenschappelijk

• Chromatin-dependent regulation of secondary metabolite biosynthesis in fungi: is the picture complete?

  Collemare, J. & Seidl, M. F., 20 jun. 2019, In: FEMS Microbiology Reviews.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  51 Citaten (Scopus)

• Draft Genome Sequence of the Wood-Staining Ascomycete Chlorociboria aeruginascens DSM 107184

  Büttner, E., Liers, C., Gebauer, A. M., Collemare, J., Navarro-Muñoz, J. C., Hofrichter, M. & Kellner, H., 25 apr. 2019, In: Microbiology Resource Announcements. 8, 17

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • xylindein 100%
  • Naphthoquinones 60%
  • Ascomycota 58%
  • Fungi 34%
  • Genome 26%
  3 Citaten (Scopus)

• Harnessing phylogenetic information to direct genome mining of biosynthetic gene clusters

  Collemare, J., mrt. 2019.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan conferentie › Poster › Wetenschappelijk

• MIBiG 2.0: a repository for biosynthetic gene clusters of known function

  Kautsar, S. A., Blin, K., Shaw, S., Navarro-Muñoz, J. C., Terlouw, B. R., van der Hooft, J. J. J., van Santen, J. A., Tracanna, V., Suarez Duran, H. G., Pascal Andreu, V., Selem-Mojica, N., Alanjary, M., Robinson, S. L., Lund, G., Epstein, S. C., Sisto, A. C., Charkoudian, L. K., Collemare, J., Linington, R. G., Weber, T., & 1 anderenMedema, M. H., 15 okt. 2019, In: Nucleic Acids Research.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Multigene Family 100%
  • Chemical Databases 20%
  • Data Curation 19%
  • Microbial Genome 19%
  • Explosions 16%
  436 Citaten (Scopus)

• Nonproteinaceous effectors: the terra incognita of plant-fungal interactions.

  Collemare, J., O'Connell, R. J. & Lebrun, M-H., 09 mrt. 2019, In: New Phytologist.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  65 Citaten (Scopus)

• Population genome sequencing of the scab fungal species Venturia inaequalis, Venturia pirina, Venturia aucupariae and Venturia asperata

  Le Cam, B., Sargent, D., Gouzy, J., Amselem, J., Bellanger, M. N., Bouchez, O., Brown, S., Caffier, V., De Gracia, M., Debuchy, R., Duvaux, L., Payen, T., Sannier, M., Shiller, J., Collemare, J. & Lemaire, C., 01 aug. 2019, In: G3: Genes, Genomes, Genetics. 9, 8, blz. 2405-2414 10 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • DNA Transposable Elements 100%
  • AT Rich Sequence 79%
  • Genome 52%
  • Sorbus 49%
  • Single Nucleotide Polymorphism 43%
  28 Citaten (Scopus)

• The High-Quality Complete Genome Sequence of the Opportunistic Fungal Pathogen Candida vulturna CBS 14366T

  Navarro-Muñoz, J. C., de Jong, A. W., Gerrits van den Ende, B., Haas, P-J., Then, E. R., Mohd Tap, R., Collemare, J. & Hagen, F., dec. 2019, In: Mycopathologia. 184, 6, blz. 731-734 4 blz.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access

  • Candida 100%
  • Genome 62%
  • pathogens 54%
  • genome 50%
  13 Citaten (Scopus)
• 2018

  Assignment of a dubious gene cluster to melanin biosynthesis in the tomato fungal pathogen Cladosporium fulvum

  Collemare, J., 31 dec. 2018, In: PLoS One.

  Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgave › Artikel › Wetenschappelijk › peer review

  Open Access
  16 Citaten (Scopus)