Robust 4C-seq data analysis to screen for regulatory DNA interactions

H.J. van de Werken, G. Landan, S.J. Holwerda, M. Hoichman, P. Klous, R. Chachik, E. Splinter, C. Valdes-Quezada, Y. Oz, B.A. Bouwman, M.J. Verstegen, E. de Wit, A. Tanay, W. de Laat

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review

292 Citaten (Scopus)

Samenvatting

Regulatory DNA elements can control the expression of distant genes via physical interactions. Here we present a cost-effective methodology and computational analysis pipeline for robust characterization of the physical organization around selected promoters and other functional elements using chromosome conformation capture combined with high-throughput sequencing (4C-seq). Our approach can be multiplexed and routinely integrated with other functional genomics assays to facilitate physical characterization of gene regulation.
Originele taal-2Engels
Pagina's (van-tot)969-972
TijdschriftNature Methods
Volume9
Nummer van het tijdschrift10
DOI's
StatusGepubliceerd - 2012

Vingerafdruk

Duik in de onderzoeksthema's van 'Robust 4C-seq data analysis to screen for regulatory DNA interactions'. Samen vormen ze een unieke vingerafdruk.

Citeer dit