Spatial transcriptomics of the nematode Caenorhabditis elegans using RNA tomography

Erik S Schild, Jonas Mars, Annabel Ebbing, Judith Vivié, Marco Betist, Hendrik C Korswagen

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan wetenschappelijk tijdschrift/periodieke uitgaveArtikelWetenschappelijkpeer review


RNA tomography or tomo-seq combines mRNA sequencing and cryo-sectioning to spatially resolve gene expression. We have adapted this method for the nematode Caenorhabditis elegans to generate anteroposterior gene expression maps at near-cellular resolution. Here, we provide a detailed overview of the method and present two approaches: one that includes RNA isolation for maximum sensitivity and one that is suitable for partial automatization and is therefore less time-consuming. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Ebbing et al. (2018).

Originele taal-2Engels
Pagina's (van-tot)100411
TijdschriftSTAR protocols
Nummer van het tijdschrift2
StatusGepubliceerd - 18 jun. 2021


Duik in de onderzoeksthema's van 'Spatial transcriptomics of the nematode Caenorhabditis elegans using RNA tomography'. Samen vormen ze een unieke vingerafdruk.

Citeer dit